SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1f9l 沉积日期 deposition_date 2000-07-11 结构标题 title ;Solution Structure of a 22-Nucleotide Hairpin Similar to the P5ABC Region of a Group I Ribozyme with Cobalt(III)hexammine Complexed to the GAAA Tetraloop
; 关键词 keywords GA mismatches, GAAA tetraloop, metal-ion binding, Cobalt(III)hexammine, hairpin, P5abc, group I intron, RNA; RNA 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 14.25 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 13.92 Å 零角强度 I(0) i0 2903150.00 分子量 molecular_weight 7179.0 kDa 排除体积 excluded_volume 6673 ų 包络体积 envelope_volume 9705 ų 水化壳体积 shell_volume 6810 ų 包络直径 envelope_diameter 49.2 Å 壳层 Rg shell_rg 17.63 Å 包络 Rg envelope_rg 13.84 Å 形状 Rg shape_rg 13.83 Å 总 Rg total_rg 14.55 Å 总原子数 total_atoms 718 残基数 n_residues 22 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 49.5 Å Rg (实空间) rg_real 14.35 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.35 Å I(0) (实空间) i0_real 2.9030e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.1400e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 14.34 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 2903000.0000 解质量估计 total_estimate 0.8550 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 16.9 Å 偏度 Skewness skewness 0.453 峰度 Kurtosis kurtosis -0.216 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 97860.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.790;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.784;
Smooth: 0.956
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 1 空间群编号 int_tables_number 1 晶系 crystal_system —
Entity 1
polymer
描述 description 5'-R(*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*)-3' 分子量 formula_weight 7175.4 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polyribonucleotide 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 718
GGCGAAGUCGAAAGAUGGCGCC
Solution structure of Cobalt(III)hexammine complexed to the GAAA tetraloop, and metal-ion binding to G.A mismatches.
J.Mol.Biol. (2000)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/f9/1f9l/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/f9/1f9l/1f9l.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/f9/1f9l/1f9l_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/f9/1f9l/1f9l.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/f9/1f9l/1f9l.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/f9/1f9l/1f9l.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/f9/1f9l/1f9l_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/f9/1f9l/1f9l.fit
pddf
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