SAXSdb — 1fos

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fos
沉积日期 deposition_date	1995-03-07
结构标题 title	TWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES
关键词 keywords	COILED-COIL, DNA-BINDING PROTEIN, HETERODIMER, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.86 Å
零角强度 I(0) i0	75279000.00
分子量 molecular_weight	51059.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56879 Å³
包络体积 envelope_volume	87833 Å³
水化壳体积 shell_volume	27296 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.33 Å
包络 Rg envelope_rg	28.86 Å
形状 Rg shape_rg	28.82 Å
总 Rg total_rg	29.31 Å
总原子数 total_atoms	3480
残基数 n_residues	314
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7050
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.390
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2462000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.156; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.920

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPGPGPAPTPGPAPGPTPCPAPTPAPGPGPAPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6271.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3480

AATGGATGAGTCATAGGAGA

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPCPTPCPCPTPAPTPGPAPCPTPCPAPTPCPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5994.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D

TTCTCCTATGACTCATCCAT

Entity 3 polymer

描述 description	P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN
分子量 formula_weight	7379.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

KRRIRRERNKMAAAKSRNRRRELTDTLQAETDQLEDEKSALQTEIANLLKEKEKLEFILAAH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN
分子量 formula_weight	7321.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

KAERKRMRNRIAASKSRKRKLERIARLEEKVKTLKAQNSELASTANMLREQVAQLKQKVMNH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1fose_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1fosf_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1fosg_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1fosh_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1fosE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1fosF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1fosG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1fosH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	241.100 Å
晶胞边长 b length_b	48.690 Å
晶胞边长 c length_c	66.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.3210

fit	/app/data/saxs_computation/fo/1fos/1fos.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fo/1fos/1fos.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fo/1fos/1fos.dat

TWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)