SAXSdb — 1g2d

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g2d
沉积日期 deposition_date	2000-10-18
结构标题 title	STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (CLONE #2)
关键词 keywords	phage display, zinc finger-DNA complex, TATA box, Cys2His2, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.52 Å
零角强度 I(0) i0	50073100.00
分子量 molecular_weight	40975.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44825 Å³
包络体积 envelope_volume	66231 Å³
水化壳体积 shell_volume	19451 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.69 Å
包络 Rg envelope_rg	31.06 Å
形状 Rg shape_rg	31.48 Å
总 Rg total_rg	31.84 Å
总原子数 total_atoms	2773
残基数 n_residues	241
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4790
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.520
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.654
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2798000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.390; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.040; Positv: 1.000; Valcen: 0.129; Smooth: 0.805

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPAPCPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPAPG)-3'
分子量 formula_weight	4980.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	2997

GACGCTATAAAAGGAG

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPGPTPCPC)-3'
分子量 formula_weight	4815.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

TCCTTTTATAGCGTCC

Entity 3 polymer

描述 description	TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN
分子量 formula_weight	10713.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MERPYACPVESCDRRFSQKTNLDTHIRIHTGQKPFQCRICMRNFSQHTGLNQHIRTHTGEKPFACDICGRKFATLHTRDRHTKIHLRQKD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	224

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1g2dc_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.12 — Zinc finger design
超家族 Superfamily superfamily	k.12.1 — Zinc finger design
家族 Family family	k.12.1.1 — Zinc finger design

结构域编号 domain_id	d1g2df_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.12 — Zinc finger design
超家族 Superfamily superfamily	k.12.1 — Zinc finger design
家族 Family family	k.12.1.1 — Zinc finger design

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1g2dC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1g2dC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1g2dC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1g2dF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1g2dF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1g2dF03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	105.100 Å
晶胞边长 b length_b	105.100 Å
晶胞边长 c length_c	104.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2620

fit	/app/data/saxs_computation/g2/1g2d/1g2d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g2/1g2d/1g2d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g2/1g2d/1g2d.dat

STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (CLONE #2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)