1gid

CRYSTAL STRUCTURE OF A GROUP I RIBOZYME DOMAIN: PRINCIPLES OF RNA PACKING

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gid
沉积日期 deposition_date	1996-08-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A GROUP I RIBOZYME DOMAIN: PRINCIPLES OF RNA PACKING
关键词 keywords	RNA, P4-P6 RIBOZYME DOMAIN OF THE TETRAHYMENA GROUP I INTRON, RIBOZYME; RIBOZYME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.14 Å
零角强度 I(0) i0	500074000.00
分子量 molecular_weight	103770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96608 Å³
包络体积 envelope_volume	157020 Å³
水化壳体积 shell_volume	41163 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.19 Å
包络 Rg envelope_rg	32.96 Å
形状 Rg shape_rg	33.12 Å
总 Rg total_rg	33.40 Å
总原子数 total_atoms	6818
残基数 n_residues	316
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	500100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7810
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.404
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN
分子量 formula_weight	51051.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6824

GAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUC

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT HEXAMMINE(III)
分子量 formula_weight	161.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	74.800 Å
晶胞边长 b length_b	128.700 Å
晶胞边长 c length_c	145.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2850

fit	/app/data/saxs_computation/gi/1gid/1gid.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gi/1gid/1gid.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gi/1gid/1gid.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A GROUP I RIBOZYME DOMAIN: PRINCIPLES OF RNA PACKING

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction