SAXSdb — 1i1q

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i1q
沉积日期 deposition_date	2001-02-02
结构标题 title	STRUCTURE OF THE COOPERATIVE ALLOSTERIC ANTHRANILATE SYNTHASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
关键词 keywords	Tryptophan biosynthesis, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.76 Å
零角强度 I(0) i0	96487000.00
分子量 molecular_weight	76361.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95289 Å³
包络体积 envelope_volume	114050 Å³
水化壳体积 shell_volume	35210 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.70 Å
包络 Rg envelope_rg	26.88 Å
形状 Rg shape_rg	26.76 Å
总 Rg total_rg	27.54 Å
总原子数 total_atoms	5364
残基数 n_residues	698
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	96490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8965
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.356
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I
分子量 formula_weight	57150.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5490

MQTPKPTLELLTCDAAYRENPTALFHQVCGDRPATLLLESADIDSKDDLKSLLLVDSALRITALGDTVTIQALSDNGASLLPLLDTALPAGVENDVLPAGRVLRFPPVSPLLDENARLCSLSVFDAFRLLQGVVNIPTQEREAMFFGGLFAYDLVAGFEALPHLEAGNNCPDYCFYLAETLMVIDHQKKSTRIQASLFTASDREKQRLNARLAYLSQQLTQPAPPLPVTPVPDMRCECNQSDDAFGAVVRQLQKAIRAGEIFQVVPSRRFSLPCPSPLAAYYVLKKSNPSPYMFFMQDNDFTLFGASPESSLKYDAASRQIEIYPIAGTRPRGRRADGTLDRDLDSRIELDMRTDHKELSEHLMLVDLARNDLARICTPGSRYVADLTKVDRYSYVMHLVSRVVGELRHDLDALHAYRACMNMGTLSGAPKVRAMQLIADAEGQRRGSYGGAVGYFTAHGDLDTCIVIRSALVENGIATVQAGAGIVLDSVPQSEADETRNKARAVLRAIATAHHAQETF

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT II
分子量 formula_weight	20754.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ADILLLDNIDSFTWNLADQLRTNGHNVVIYRNHIPAQTLIDRLATMKNPVLMLSPGPGVPSEAGCMPELLTRLRGKLPIIGICLGHQAIVEAYGGYVGQAGEILHGKATSIEHDGQAMFAGLANPLPVARYHSLVGSNVPAGLTINAHFNGMVMAVRHDADRVCGFQFHPESILTTQGARLLEQTLAWAQQK

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHAN
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1i1qa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.161 — ADC synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.161.1 — ADC synthase
家族 Family family	d.161.1.1 — ADC synthase

结构域编号 domain_id	d1i1qb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.1 — Class I glutamine amidotransferases (GAT)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1i1qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Anthranilate synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthranilate synthase

结构域编号 domain_id	1i1qB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.000 Å
晶胞边长 b length_b	101.700 Å
晶胞边长 c length_c	67.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	24.660 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/i1/1i1q/1i1q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i1/1i1q/1i1q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i1/1i1q/1i1q.dat

STRUCTURE OF THE COOPERATIVE ALLOSTERIC ANTHRANILATE SYNTHASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)