SAXSdb — 1jnu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jnu
沉积日期 deposition_date	2001-07-25
结构标题 title	Photoexcited structure of the plant photoreceptor domain, phy3 LOV2
关键词 keywords	;cysteinyl-flavin adduct, photoexcited, PAS, LOV, plant photoreceptor, phototropin, photochemistry, light-driven bond, phy3, SIGNALING PROTEIN, ELECTRON TRANSPORT ;; SIGNALING PROTEIN, ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.50 Å
零角强度 I(0) i0	39503100.00
分子量 molecular_weight	48206.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59723 Å³
包络体积 envelope_volume	79691 Å³
水化壳体积 shell_volume	22891 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.63 Å
包络 Rg envelope_rg	30.92 Å
形状 Rg shape_rg	31.50 Å
总 Rg total_rg	31.90 Å
总原子数 total_atoms	3400
残基数 n_residues	416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8179
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.750
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4378000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.720; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.568; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	PHY3 PROTEIN
分子量 formula_weight	12181.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3465

KSFVITDPRLPDNPIIFASDRFLELTEYTREEVLGNNCRFLQGRGTDRKAVQLIRDAVKEQRDVTVQVLNYTKGGRAFWNLFHLQVMRDENGDVQYFIGVQQEM

来源 Source

来源生物 organism	Adiantum capillus-veneris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1jnua_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.6 — Flavin-binding PAS domain

结构域编号 domain_id	d1jnub_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.6 — Flavin-binding PAS domain

结构域编号 domain_id	d1jnuc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.6 — Flavin-binding PAS domain

结构域编号 domain_id	d1jnud_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.6 — Flavin-binding PAS domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1jnuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	1jnuB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	1jnuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	1jnuD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.843 Å
晶胞边长 b length_b	54.771 Å
晶胞边长 c length_c	70.963 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	93.14 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.40 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	26.800 Å
R 因子 r_factor	0.2376
R_work r_work	0.2357
R_free r_free	0.2591

fit	/app/data/saxs_computation/jn/1jnu/1jnu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/1jnu/1jnu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/1jnu/1jnu.dat

Photoexcited structure of the plant photoreceptor domain, phy3 LOV2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)