1jo2

Crystal Structure of the B-DNA Hexamer (CgATCG).Daunomycin Complex Containing a Ribose at the Intercalation Site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 33.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jo2
沉积日期 deposition_date	2001-07-26
结构标题 title	Crystal Structure of the B-DNA Hexamer (CgATCG).Daunomycin Complex Containing a Ribose at the Intercalation Site
关键词 keywords	intercalation, DNA/RNA chimer, DNA, RNA; DNA, RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	8.77 Å
零角强度 I(0) i0	278045.00
分子量 molecular_weight	2340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2451 Å³
包络体积 envelope_volume	2976 Å³
水化壳体积 shell_volume	3599 Å³
包络直径 envelope_diameter	30.1 Å
壳层 Rg shell_rg	12.35 Å
包络 Rg envelope_rg	9.16 Å
形状 Rg shape_rg	8.71 Å
总 Rg total_rg	9.83 Å
总原子数 total_atoms	159
残基数 n_residues	6
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	33.2 Å
Rg (实空间) rg_real	9.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7800e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9190e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	9.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	278000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8350
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	9.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.497
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11840.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.620; Smooth: 0.866

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.050 Å
晶胞边长 b length_b	28.050 Å
晶胞边长 c length_c	53.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2330

描述 description	5'-D(C)-R(PG)-D(PAPTPCPG)-3'
分子量 formula_weight	1825.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	199

Crystal Structure of the B-DNA Hexamer (CgATCG).Daunomycin Complex Containing a Ribose at the Intercalation Site

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	DAUNOMYCIN
分子量 formula_weight	527.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

fit	/app/data/saxs_computation/jo/1jo2/1jo2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jo/1jo2/1jo2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jo/1jo2/1jo2.dat