1l47

;CUMULATIVE SITE-DIRECTED CHARGE-CHANGE REPLACEMENTS IN BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME SUGGEST THAT LONG-RANGE ELECTROSTATIC INTERACTIONS CONTRIBUTE LITTLE TO PROTEIN STABILITY ;

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1l47

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1l47
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id1l47
沉积日期 deposition_date1991-01-28
结构标题 title;CUMULATIVE SITE-DIRECTED CHARGE-CHANGE REPLACEMENTS IN BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME SUGGEST THAT LONG-RANGE ELECTROSTATIC INTERACTIONS CONTRIBUTE LITTLE TO PROTEIN STABILITY ;
关键词 keywordsHYDROLASE (O-GLYCOSYL); HYDROLASE (O-GLYCOSYL)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.49
零角强度 I(0) i06600250.00
分子量 molecular_weight18614.0 kDa
排除体积 excluded_volume23306 ų
包络体积 envelope_volume26445 ų
水化壳体积 shell_volume14046 ų
包络直径 envelope_diameter58.7
壳层 Rg shell_rg21.66
包络 Rg envelope_rg16.53
形状 Rg shape_rg16.45
总 Rg total_rg17.47
总原子数 total_atoms1307
残基数 n_residues164
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.7
Rg (实空间) rg_real17.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real6.6000e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3370e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7983
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.5
偏度 Skewness skewness0.333
峰度 Kurtosis kurtosis-0.238
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1303000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (2)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1l47a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.3 — Phage lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1l47A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

7. 引用文献 (31)

8. 文件与曲线 (10)