SAXSdb — 1m8w

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m8w
沉积日期 deposition_date	2002-07-26
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN FROM HUMAN PUMILIO1 IN COMPLEX WITH NRE1-19 RNA
关键词 keywords	Pumilio-homology domain, Puf domain, Nanos response element, RNA Binding Protein-RNA COMPLEX; RNA Binding Protein/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.85 Å
零角强度 I(0) i0	116482000.00
分子量 molecular_weight	83566.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103190 Å³
包络体积 envelope_volume	145570 Å³
水化壳体积 shell_volume	32696 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.26 Å
包络 Rg envelope_rg	42.42 Å
形状 Rg shape_rg	42.81 Å
总 Rg total_rg	42.84 Å
总原子数 total_atoms	5852
残基数 n_residues	696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7439
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.529
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.377
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4983000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.509; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.432; Smooth: 0.708

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(PUPUPGPUPAPUPAPU)-3'
分子量 formula_weight	2489.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	6475

UUGUAUAU

Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(PUPGPUPAPUPAP*U)-3'
分子量 formula_weight	2183.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UGUAUAU

Entity 3 polymer

描述 description	5'-R(PUPUPGPUPCPCPAPG)-3'
分子量 formula_weight	2503.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UUGUCCAG

Entity 4 polymer

描述 description	5'-R(PUPGPUPCPCPAP*G)-3'
分子量 formula_weight	2197.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

UGUCCAG

Entity 5 polymer

描述 description	Pumilio 1
分子量 formula_weight	40364.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GRSRLLEDFRNNRYPNLQLREIAGHIMEFSQDQHGSRFIQLKLERATPAERQLVFNEILQAAYQLMVDVFGNYVIQKFFEFGSLEQKLALAERIRGHVLSLALQMYGCRVIQKALEFIPSDQQNEMVRELDGHVLKCVKDQNGNHVVQKCIECVQPQSLQFIIDAFKGQVFALSTHPYGCRVIQRILEHCLPDQTLPILEELHQHTEQLVQDQYGNYVIQHVLEHGRPEDKSKIVAEIRGNVLVLSQHKFASNVVEKCVTHASRTERAVLIDEVCTMNDGPHSALYTMMKDQYANYVVQKMIDVAEPGQRKIVMHKIRPHIATLRKYTYGKHILAKLEKYYMKNGVDLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	307

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1m8wa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.8 — Pumilio repeat

结构域编号 domain_id	d1m8wb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.8 — Pumilio repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1m8wA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	1m8wB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	262.730 Å
晶胞边长 b length_b	37.730 Å
晶胞边长 c length_c	82.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	42.680 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2890

fit	/app/data/saxs_computation/m8/1m8w/1m8w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/1m8w/1m8w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/1m8w/1m8w.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PUMILIO-HOMOLOGY DOMAIN FROM HUMAN PUMILIO1 IN COMPLEX WITH NRE1-19 RNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)