SAXSdb — 1msw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1msw
沉积日期 deposition_date	2002-09-19
结构标题 title	Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase
关键词 keywords	T7RNAP elongation complex, TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.89 Å
零角强度 I(0) i0	227007000.00
分子量 molecular_weight	111140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135320 Å³
包络体积 envelope_volume	180390 Å³
水化壳体积 shell_volume	47408 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.97 Å
包络 Rg envelope_rg	30.59 Å
形状 Rg shape_rg	30.91 Å
总 Rg total_rg	31.49 Å
总原子数 total_atoms	7766
残基数 n_residues	910
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	227000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.367
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.970

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	6117.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	7956

GCCGTGCGCATTCGCCGTGT

Entity 2 polymer

描述 description	Non-Template DNA
分子量 formula_weight	5194.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

TTTACGTTGCGCACGGC

Entity 3 polymer

描述 description	RNA message
分子量 formula_weight	3239.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

GACACGGCGA

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	98984.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISPMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1mswd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.3 — T7 RNA polymerase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1mswD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1320 — T7 RNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1mswD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	1mswD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1mswD04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 —

结构域编号 domain_id	1mswD05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	142.910 Å
晶胞边长 b length_b	145.460 Å
晶胞边长 c length_c	145.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2750

fit	/app/data/saxs_computation/ms/1msw/1msw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/1msw/1msw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/1msw/1msw.dat

Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)