SAXSdb — 1nhe

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nhe
沉积日期 deposition_date	2002-12-19
结构标题 title	Crystal structure of Lactose synthase complex with UDP
关键词 keywords	lactose synthase, MAD methods, TRANSFERASE ACTIVATOR-TRANSFERASE COMPLEX; TRANSFERASE ACTIVATOR/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.19 Å
零角强度 I(0) i0	136809000.00
分子量 molecular_weight	93050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115550 Å³
包络体积 envelope_volume	144680 Å³
水化壳体积 shell_volume	35502 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.88 Å
包络 Rg envelope_rg	35.19 Å
形状 Rg shape_rg	35.19 Å
总 Rg total_rg	35.53 Å
总原子数 total_atoms	6472
残基数 n_residues	772
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.7 Å
Rg (实空间) rg_real	35.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8229
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.600
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.344

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-LACTALBUMIN
分子量 formula_weight	14015.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6803

TELTKCKVSHAIKDIDGYQGISLLEWACVLFHTSGYDTQAVVNDNGSTEYGLFQISDRFWCKSSEFPESENICGISCDKLLDDELDDDIACAKKILAIKGIDYWKAYKPMCSEKLEQWRCEKP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	33367.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.22, 2.4.1.90, 2.4.1.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

ASMTGGQQMGRGSSLTACPEESPLLVGPMLIEFNIPVDLKLVEQQNPKVKLGGRYTPMDCISPHKVAIIIPFRNRQEHLKYWLYYLHPILQRQQLDYGIYVINQAGESMFNRAKLLNVGFKEALKDYDYNCFVFSDVDLIPMNDHNTYRCFSQPRHISVAMDKFGFSLPYVQYFGGVSALSKQQFLSINGFPNNYWGWGGEDDDIYNRLAFRGMSVSRPNAVIGKCRMIRHSRDKKNEPNPQRFDRIAHTKETMLSDGLNSLTYMVLEVQRYPLYTKITVDIGTPS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1nhea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.2 — C-type lysozyme

结构域编号 domain_id	d1nheb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

结构域编号 domain_id	d1nhec_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.2 — C-type lysozyme

结构域编号 domain_id	d1nhed_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nheA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1nheB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

结构域编号 domain_id	1nheC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1nheD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.171 Å
晶胞边长 b length_b	99.013 Å
晶胞边长 c length_c	102.382 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/nh/1nhe/1nhe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nh/1nhe/1nhe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nh/1nhe/1nhe.dat

Crystal structure of Lactose synthase complex with UDP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)