1qum

CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ENDONUCLEASE IV IN COMPLEX WITH DAMAGED DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qum
沉积日期 deposition_date	1999-07-01
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ENDONUCLEASE IV IN COMPLEX WITH DAMAGED DNA
关键词 keywords	ENZYME:DNA COMPLEX, TRINUCLEAR ZN CLUSTER, DNA REPAIR ENZYME, TIM BARREL, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.04 Å
零角强度 I(0) i0	33945200.00
分子量 molecular_weight	38889.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45946 Å³
包络体积 envelope_volume	53382 Å³
水化壳体积 shell_volume	22671 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.9 Å
壳层 Rg shell_rg	26.25 Å
包络 Rg envelope_rg	19.30 Å
形状 Rg shape_rg	19.03 Å
总 Rg total_rg	19.86 Å
总原子数 total_atoms	2696
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8926
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.096
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5033000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPGPTPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	1785.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3030

GCGTCC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D((3DR)PCPGPAPCPGP*A)-3'
分子量 formula_weight	1998.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

NCGACGA

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPCPGPTPCPGPGPGPGPAPCPG)-3'
分子量 formula_weight	4008.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TCGTCGGGGACGC

Entity 4 polymer

描述 description	ENDONUCLEASE IV
分子量 formula_weight	31518.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKYIGAHVSAAGGLANAAIRAAEIDATAFALFTKNQRQWRAAPLTTQTIDEFKAACEKYHYTSAQILPHDSYLINLGHPVTEALEKSRDAFIDEMQRCEQLGLSLLNFHPGSHLMQISEEDCLARIAESINIALDKTQGVTAVIENTAGQGSNLGFKFEHLAAIIDGVEDKSRVGVCIDTCHAFAAGYDLRTPAECEKTFADFARTVGFKYLRGMHLNDAKSTFGSRVDRHHSLGEGNIGHDAFRWIMQDDRFDGIPLILETINPDIWAEEIAWLKAQQTEKAVA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	315

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1quma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.1 — Endonuclease IV

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1qumA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.120 Å
晶胞边长 b length_b	58.727 Å
晶胞边长 c length_c	51.146 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2540

fit	/app/data/saxs_computation/qu/1qum/1qum.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qu/1qum/1qum.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qu/1qum/1qum.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ENDONUCLEASE IV IN COMPLEX WITH DAMAGED DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)