1s5n

Xylose Isomerase in Substrate and Inhibitor Michaelis States: Atomic Resolution Studies of a Metal-Mediated Hydride Shift

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1s5n
沉积日期 deposition_date	2004-01-21
结构标题 title	Xylose Isomerase in Substrate and Inhibitor Michaelis States: Atomic Resolution Studies of a Metal-Mediated Hydride Shift
关键词 keywords	xylose isomerase, hydride shift, atomic resolution, tim barrel, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.23 Å
零角强度 I(0) i0	33006800.00
分子量 molecular_weight	43110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53476 Å³
包络体积 envelope_volume	67810 Å³
水化壳体积 shell_volume	24803 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.58 Å
包络 Rg envelope_rg	24.23 Å
形状 Rg shape_rg	23.22 Å
总 Rg total_rg	24.01 Å
总原子数 total_atoms	5965
残基数 n_residues	386
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8530
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.498
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.101
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5837000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.892; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Xylose isomerase
分子量 formula_weight	42856.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7165

SYQPTPEDRFTFGLWTVGWQGRDPFGDATRPALDPVETVQRLAELGAHGVTFHDDDLIPFGSSDTERESHIKRFRQALDATGMTVPMATTNLFTHPVFKDGGFTANDRDVRRYALRKTIRNIDLAVELGAKTYVAWGGREGAESGAAKDVRVALDRMKEAFDLLGEYVTSQGYDIRFAIEPKPNEPRGDILLPTVGHALAFIERLERPELYGVNPEVGHEQMAGLNFPHGIAQALWAGKLFHIDLNGQSGIKYDQDLRFGAGDLRAAFWLVDLLESAGYEGPRHFDFKPPRTEDIDGVWASAAGCMRNYLILKERAAAFRADPEVQEALRASRLDELAQPTAADGVQELLADRTAFEDFDVDAAAARGMAFERLDQLAMDHLLGAR

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces olivochromogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	Xylitol
分子量 formula_weight	152.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	HYDROXIDE ION
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	507

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1s5na_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1s5nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.031 Å
晶胞边长 b length_b	92.854 Å
晶胞边长 c length_c	98.312 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.950 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1059
R_free r_free	0.1279

fit	/app/data/saxs_computation/s5/1s5n/1s5n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s5/1s5n/1s5n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s5/1s5n/1s5n.dat