SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1szy 沉积日期 deposition_date 2004-04-06 结构标题 title ;Solution structure of ITALY1 ("Initiator tRNA Anticodon Loop from Yeast"), an unmodified 21-nt RNA with the sequence of the anticodon stem-loop of yeast initiator tRNA
; 关键词 keywords Initiator tRNA Anticodon Loop, RNA; RNA 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 12.79 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 12.30 Å 零角强度 I(0) i0 2646990.00 分子量 molecular_weight 6786.0 kDa 排除体积 excluded_volume 6337 ų 包络体积 envelope_volume 8699 ų 水化壳体积 shell_volume 6854 ų 包络直径 envelope_diameter 45.9 Å 壳层 Rg shell_rg 16.36 Å 包络 Rg envelope_rg 12.24 Å 形状 Rg shape_rg 12.23 Å 总 Rg total_rg 13.04 Å 总原子数 total_atoms 677 残基数 n_residues 21 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 47.6 Å Rg (实空间) rg_real 12.83 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.66 Å I(0) (实空间) i0_real 2.6470e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.5410e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 12.82 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 2647000.0000 解质量估计 total_estimate 0.7863 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 3 主峰位置 r_peak_primary 15.7 Å 偏度 Skewness skewness 0.446 峰度 Kurtosis kurtosis 0.048 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 106500.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.459;
Stabil: 0.995;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.874;
Smooth: 0.982
Entity 1
polymer
描述 description 5'-R(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3' 分子量 formula_weight 6703.1 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polyribonucleotide 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 677
GGCAGGGCUCAUAACCCUGCC
On the conformation of the anticodon loops of initiator and elongator methionine tRNAs.
J.Mol.Biol. (1997)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/sz/1szy/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/sz/1szy/1szy.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/sz/1szy/1szy_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/sz/1szy/1szy.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/sz/1szy/1szy.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/sz/1szy/1szy.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/sz/1szy/1szy_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
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pddf
/app/data/pr_computation/sz/1szy/1szy.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/sz/1szy/1szy.dat
