1t8e

T7 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP at the Insertion Site.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1t8e
沉积日期 deposition_date	2004-05-12
结构标题 title	T7 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP at the Insertion Site.
关键词 keywords	protein, DNA, transferase, transferase-electron transport-DNA COMPLEX; transferase/electron transport/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.14 Å
零角强度 I(0) i0	207480000.00
分子量 molecular_weight	105380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127480 Å³
包络体积 envelope_volume	170660 Å³
水化壳体积 shell_volume	42803 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.64 Å
包络 Rg envelope_rg	33.92 Å
形状 Rg shape_rg	34.15 Å
总 Rg total_rg	34.50 Å
总原子数 total_atoms	7360
残基数 n_residues	850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	207500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8449
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.404

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PCPGPAPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPAP(2DT))-3'
分子量 formula_weight	6739.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	7741

CGAAAACGACGGCCAGTGCCAT

Entity 2 polymer

描述 description	25-MER
分子量 formula_weight	8026.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ATGGATGGCACTGGCCGTCGTTTTCG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	79089.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIVSDIEANALLESVTKFHCGVIYDYSTAEYVSYRPSDFGAYLDALEAEVARGGLIVFHNGHKYDVPALTKLAKLQLNREFHLPRENCIDTLVLSRLIHSNLKDTDMGLLRSGKLPGALEAWGYRLGEMKGEYKDDFKRMLEEQGEEYVDGMEWWNFNEEMMDYNVQDVVVTKALLEKLLSDKHYFPPEIDFTDVGYTTFWSESLEAVDIEHRAAWLLAKQERNGFPFDTKAIEELYVELAARRSELLRKLTETFGSWYQPKGGTEMFCHPRTGKPLPKYPRIKTPKVGGIFKKPKNKAQREGREPCELDTREYVAGAPYTPVEHVVFNPSSRDHIQKKLQEAGWVPTKYTDKGAPVVDDEVLEGVRVDDPEKQAAIDLIKEYLMIQKRIGQSAEGDKAWLRYVAEDGKIHGSVNPNGAVTGRATHAFPNLAQIPGVRSPYGEQCRAAFGAEHHLDGITGKPWVQAGIDASGLELRCLAHFMARFDNGEYAHEILNGDIHTKNQIAAELPTRDNAKTFIYGFLYGAGDEKIGQIVGAGKERGKELKKKFLENTPAIAALRESIQQTLVESSQWVAGEQQVKWKRRWIKGLDGRKVHVRSPHAALNTLLQSAGALICKLWIIKTEEMLVEKGLKHGWDGDFAYMAWVHDEIQVGCRTEEIAQVVIETAQEAMRWVGDHWNFRCLLDTEGKMGPNWAICH

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	thioredoxin 1
分子量 formula_weight	11687.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	;2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	451.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	381

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1t8ea1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1t8ea2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d1t8eb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1t8eA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1t8eA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4

结构域编号 domain_id	1t8eA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1t8eA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1t8eB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.285 Å
晶胞边长 b length_b	218.121 Å
晶胞边长 c length_c	52.133 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	28.710 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/t8/1t8e/1t8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t8/1t8e/1t8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t8/1t8e/1t8e.dat

T7 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP at the Insertion Site.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)