1x18

Contact sites of ERA GTPase on the THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1x18
沉积日期 deposition_date	2005-04-02
结构标题 title	Contact sites of ERA GTPase on the THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT
关键词 keywords	Contact sites of Era protein on the 30S ribosomal subunit, STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX; STRUCTURAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.12 Å
零角强度 I(0) i0	174725000.00
分子量 molecular_weight	100950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121810 Å³
包络体积 envelope_volume	130700 Å³
水化壳体积 shell_volume	32688 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.21 Å
包络 Rg envelope_rg	35.61 Å
形状 Rg shape_rg	37.92 Å
总 Rg total_rg	38.12 Å
总原子数 total_atoms	86
残基数 n_residues	86
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.1 Å
Rg (实空间) rg_real	37.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	174700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8875
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	16620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.727

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(PCPGPAPUPGPGPCPGPAPAP*G)-3'
分子量 formula_weight	3585.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	955

CGAUGGCGAAG

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9974.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGC

Entity 3 polymer

描述 description	5'-R(PUPUPCPCPCPGPGPGPCPCPUPGPGPGPGPCPCPCPGPC)-3'
分子量 formula_weight	6381.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

UUCCCGGGCCUGGGGCCCGC

Entity 4 polymer

描述 description	5'-R(PUPGPUPUPGPGPGPUPUPAPAPGPUPCPCPCPGPCPAPAPCPGPAPG)-3'
分子量 formula_weight	7725.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAG

Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	26671.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

VKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDIVRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTIQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQRLHELERLQKYLSGFRLLKRLPDAIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ

Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	17822.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

ARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRVGGANYQVPMEVSRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW

Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S11
分子量 formula_weight	12606.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS

Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S18
分子量 formula_weight	8483.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSGKEQRILAKTIKRARILGLLPFTEKLVRK

Entity 9 polymer

描述 description	GTP-binding protein era
分子量 formula_weight	32864.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

DKSYCGFIAIVGRPNVGKSTLLNKLLGQKISITSRKAQTTRHRIVGIHTEGAYQAIYVDTPGLHMEEKRAINRLMNKAASSSIGDVELVIFVVEGTRWTPDDEMVLNKLREGKAPVILAVNKVDNVQEKADLLPHLQFLASQMNFLDIVPISAETGLNVDTIAAIVRKHLPEATHHFPEDYITDRSQRFMASEIIREKLMRFLGAELPYSVTVEIERFVSNERGGYDINGLILVEREGQKKMVIGNKGAKIKTIGIEARKDMQEMFEAPVHLELWVKVKSGWADDERALRSL

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1x18e1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.15 — Ribosomal protein S2
家族 Family family	c.23.15.1 — Ribosomal protein S2

结构域编号 domain_id	d1x18f1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.75 — Ribosomal protein S7
超家族 Superfamily superfamily	a.75.1 — Ribosomal protein S7
家族 Family family	a.75.1.1 — Ribosomal protein S7

结构域编号 domain_id	d1x18g1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.4 — Translational machinery components
家族 Family family	c.55.4.1 — Ribosomal protein L18 and S11

结构域编号 domain_id	d1x18h1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.8 — Ribosomal protein S18
家族 Family family	a.4.8.1 — Ribosomal protein S18

结构域编号 domain_id	d1x18x1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1x18x2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.52 — Alpha-lytic protease prodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.52.3 — Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II)
家族 Family family	d.52.3.1 — Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II)

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	13.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	reference based alignment
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/x1/1x18/1x18.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x1/1x18/1x18.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x1/1x18/1x18.dat

Contact sites of ERA GTPase on the THERMUS THERMOPHILUS 30S SUBUNIT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)