SAXSdb — 1xpq

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xpq
沉积日期 deposition_date	2004-10-09
结构标题 title	Crystal structure of fms1, a polyamine oxidase from yeast
关键词 keywords	polyamine oxidase, complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.83 Å
零角强度 I(0) i0	777242000.00
分子量 molecular_weight	230570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	286950 Å³
包络体积 envelope_volume	404840 Å³
水化壳体积 shell_volume	61363 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.7 Å
壳层 Rg shell_rg	61.16 Å
包络 Rg envelope_rg	50.77 Å
形状 Rg shape_rg	52.80 Å
总 Rg total_rg	53.14 Å
总原子数 total_atoms	16215
残基数 n_residues	1991
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.0 Å
Rg (实空间) rg_real	53.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	777200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8355
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	88.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.930
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.357

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Polyamine oxidase FMS1
分子量 formula_weight	58529.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.3.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16450

MNTVSPAKKKVIIIGAGIAGLKAASTLHQNGIQDCLVLEARDRVGGRLQTVTGYQGRKYDIGASWHHDTLTNPLFLEEAQLSLNDGRTRFVFDDDNFIYIDEERGRVDHDKELLLEIVDNEMSKFAELEFHQHLGVSDCSFFQLVMKYLLQRRQFLTNDQIRYLPQLCRYLELWHGLDWKLLSAKDTYFGHQGRNAFALNYDSVVQRIAQSFPQNWLKLSCEVKSITREPSKNVTVNCEDGTVYNADYVIITVPQSVLNLSVQPEKNLRGRIEFQPPLKPVIQDAFDKIHFGALGKVIFEFEECCWSNESSKIVTLANSTNEFVEIVRNAENLDELDSMLEREDSQKHTSVTCWSQPLFFVNLSKSTGVASFMMLMQAPLTNHIESIREDKERLFSFFQPVLNKIMKCLDSEDVIDGMRPIENIANANKPVLRNIIVSNWTRDPYSRGAYSACFPGDDPVDMVVAMSNGQDSRIRFAGEHTIMDGAGCAYGAWESGRREATRISDLLKLEHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SPERMINE
分子量 formula_weight	202.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1xpqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1xpqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1xpqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1xpqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1xpqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1xpqC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1xpqD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1xpqD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	103.048 Å
晶胞边长 b length_b	98.133 Å
晶胞边长 c length_c	123.832 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	42.930 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1997
R_free r_free	0.2761

fit	/app/data/saxs_computation/xp/1xpq/1xpq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xp/1xpq/1xpq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xp/1xpq/1xpq.dat

Crystal structure of fms1, a polyamine oxidase from yeast

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction