1y56

Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y56
沉积日期 deposition_date	2004-12-02
结构标题 title	Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii
关键词 keywords	dehydrogenase, protein-protein complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.39 Å
零角强度 I(0) i0	146060000.00
分子量 molecular_weight	98590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	124520 Å³
包络体积 envelope_volume	146520 Å³
水化壳体积 shell_volume	40792 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	37.43 Å
包络 Rg envelope_rg	29.48 Å
形状 Rg shape_rg	29.39 Å
总 Rg total_rg	30.10 Å
总原子数 total_atoms	6941
残基数 n_residues	858
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8947
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.492
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.857

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	hypothetical protein PH1363
分子量 formula_weight	55639.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.99.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7147

MLMRPLDLTEKRGKKVTIYFEGKELEAYEGEKLPVALLANEIYWLTTSNEGRKRGAFTFGPVPMTVNGVKGLEARRIKVKDGMKIERQGYYDFHEEPVVEPGEIERVVVDVAIIGGGPAGIGAALELQQYLTVALIEERGWLGGDMWLKGIKQEGFNKDSRKVVEELVGKLNENTKIYLETSALGVFDKGEYFLVPVVRGDKLIEILAKRVVLATGAIDSTMLFENNDMPGVFRRDFALEVMNVWEVAPGRKVAVTGSKADEVIQELERWGIDYVHIPNVKRVEGNEKVERVIDMNNHEYKVDALIFADGRRPDINPITQAGGKLRFRRGYYSPVLDEYHRIKDGIYVAGSAVSIKPHYANYLEGKLVGAYILKEFGYDAQPCIYEEKLREYEPESLSIPRIPLDKFNLEDVQICGCDVSLKKVDEVIRKGITDLQIIKRLTHLAMGFCQGRYCLFNGAVVVSQRTGKKLSEIDLPVARSPIKNVKMGILARR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70601
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	sarcosine oxidase
分子量 formula_weight	42737.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.99.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLPEKSEIVVIGGGIVGVTIAHELAKRGEEVTVIEKRFIGSGSTFRCGTGIRQQFNDEANVRVMKRSVELWKKYSEEYGFSFKQTGYLFLLYDDEEVKTFKRNIEIQNKFGVPTKLITPEEAKEIVPLLDISEVIAASWNPTDGKADPFEATTAFAVKAKEYGAKLLEYTEVKGFLIENNEIKGVKTNKGIIKTGIVVNATNAWANLINAMAGIKTKIPIEPYKHQAVITQPIKRGTINPMVISFKYGHAYLTQTFHGGIIGGIGYEIGPTYDLTPTYEFLREVSYYFTKIIPALKNLLILRTWAGYYAKTPDSNPAIGRIEELNDYYIAAGFSGHGFMMAPAVGEMVAELITKGKTKLPVEWYDPYRFERGELRTAALQMG

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70601
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID
分子量 formula_weight	221.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	206

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1y56A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — 2Fe-2S iron-sulphur cluster binding domain, sarcosine oxidase, alpha subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1y56A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1y56A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 — BFD-like [2Fe-2S]-binding domain

结构域编号 domain_id	1y56B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1y56B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	172.219 Å
晶胞边长 b length_b	172.219 Å
晶胞边长 c length_c	175.398 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.860 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1817
R_free r_free	0.2256

fit	/app/data/saxs_computation/y5/1y56/1y56.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/1y56/1y56.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/1y56/1y56.dat

Crystal structure of L-proline dehydrogenase from P.horikoshii

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)