1ypl

X-ray crystal structure of thrombin inhibited by synthetic cyanopeptide analogue RA-1008

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ypl
沉积日期 deposition_date	2005-01-31
结构标题 title	X-ray crystal structure of thrombin inhibited by synthetic cyanopeptide analogue RA-1008
关键词 keywords	Thrombin, Inhibitor Complex, Barrel, 6 stranded beta-Sheet, BLOOD CLOTTING-hydrolase inhibitor COMPLEX; BLOOD CLOTTING/hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.93 Å
零角强度 I(0) i0	19493800.00
分子量 molecular_weight	33776.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42369 Å³
包络体积 envelope_volume	47228 Å³
水化壳体积 shell_volume	21114 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.98 Å
包络 Rg envelope_rg	18.29 Å
形状 Rg shape_rg	17.91 Å
总 Rg total_rg	18.96 Å
总原子数 total_atoms	2372
残基数 n_residues	250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.2 Å
Rg (实空间) rg_real	18.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8995
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.083
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8246000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	thrombin light chain
分子量 formula_weight	3188.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	2563

ADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYI

Entity 2 polymer

描述 description	Thrombin heavy chain
分子量 formula_weight	29594.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQF

Entity 3 polymer

描述 description	Hirudin
分子量 formula_weight	1363.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DFEEIPEEYL

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-(BENZYLSULFONYL)-L-LEUCYL-N-(4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}BUTYL)-L-PROLINAMIDE
分子量 formula_weight	494.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1yplH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1yplH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.131 Å
晶胞边长 b length_b	71.630 Å
晶胞边长 c length_c	72.198 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1949
R_work r_work	0.1949
R_free r_free	0.2630

fit	/app/data/saxs_computation/yp/1ypl/1ypl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yp/1ypl/1ypl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yp/1ypl/1ypl.dat

X-ray crystal structure of thrombin inhibited by synthetic cyanopeptide analogue RA-1008

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)