SAXSdb — 1z5s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z5s
沉积日期 deposition_date	2005-03-19
结构标题 title	Crystal structure of a complex between UBC9, SUMO-1, RANGAP1 and NUP358/RANBP2
关键词 keywords	E3, LIGASE, SUMO, UBC9, NUCLEAR PORE COMPLEX; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.38 Å
零角强度 I(0) i0	40552900.00
分子量 molecular_weight	50612.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63935 Å³
包络体积 envelope_volume	79586 Å³
水化壳体积 shell_volume	25637 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.88 Å
包络 Rg envelope_rg	27.48 Å
形状 Rg shape_rg	27.35 Å
总 Rg total_rg	28.10 Å
总原子数 total_atoms	3564
残基数 n_residues	455
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6856
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9234000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.960

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 I
分子量 formula_weight	18030.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3592

MSGIALSRLAQERKAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMNWECAIPGKKGTPWEGGLFKLRMLFKDDYPSSPPKCKFEPPLFHPNVYPSGTVCLSILEEDKDWRPAITIKQILLGIQELLNEPNIQDPAQAEAYTIYCQNRVEYEKRVRAQAKKFAPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein SMT3C
分子量 formula_weight	9473.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGEGEYIKLKVIGQDSSEIHFKVKMTTHLKKLKESYCQRQGVPMNSLRFLFEGQRIADNHTPKELGMEEEDVIEVYQEQTGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Ran GTPase-activating protein 1
分子量 formula_weight	18686.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SLNTGEPAPVLSSPPPADVSTFLAFPSPEKLLRLGPKSSVLIAQQTDTSDPEKVVSAFLKVSSVFKDEATVRMAVQDAVDALMQKAFNSSSFNSNTFLTRLLVHMGLLKSEDKVKAIANLYGPLMALNHMVQQDYFPKALAPLLLAFVTKPNSALESCSFARHSLLQTLYKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Ran-binding protein 2
分子量 formula_weight	9544.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SLDVLIVYELTPTAEQKALATKLKLPPTFFCYKNRPDYVSEEEEDDEDFETAVKKLNGKLYLDGSEKCRPLEENTADNEKECI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1z5sa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d1z5sb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d1z5sc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.12 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain
家族 Family family	a.118.12.1 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1z5sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	1z5sB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1z5sC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	157.123 Å
晶胞边长 b length_b	157.123 Å
晶胞边长 c length_c	59.613 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	29.690 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2900

fit	/app/data/saxs_computation/z5/1z5s/1z5s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z5/1z5s/1z5s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z5/1z5s/1z5s.dat

Crystal structure of a complex between UBC9, SUMO-1, RANGAP1 and NUP358/RANBP2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)