SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
下载 Download
下载所选文件
条目编号 entry_id 2b0k 沉积日期 deposition_date 2005-09-14 结构标题 title Crystal structure of the DB921-D(CGCGAATTCGCG)2 complex. 关键词 keywords ;NUCLEIC ACIDS, DNA, DOUBLE HELIX, MINOR GROOVE, DNA MINOR GROOVE BINDER, DNA MINOR GROOVE-LIGAND COMPLEX, DB921, A2T2, DICKERSON AND DREW DNA, CRYSTAL STRUCTURE OF B-DNA, DNA-DRUG COMPLEX, MAGNESIUM-WATER COMPLEX, HYDRATED MAGNESIUM, DNA HYDRATION.
;; DNA 实验方法 method X-RAY DIFFRACTION
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 13.65 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 13.08 Å 零角强度 I(0) i0 2911990.00 分子量 molecular_weight 7692.0 kDa 排除体积 excluded_volume 7546 ų 包络体积 envelope_volume 10013 ų 水化壳体积 shell_volume 7316 ų 包络直径 envelope_diameter 46.6 Å 壳层 Rg shell_rg 17.15 Å 包络 Rg envelope_rg 13.41 Å 形状 Rg shape_rg 12.95 Å 总 Rg total_rg 13.87 Å 总原子数 total_atoms 514 残基数 n_residues 24 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 46.8 Å Rg (实空间) rg_real 13.73 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.29 Å I(0) (实空间) i0_real 2.9120e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.3670e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 13.72 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 2912000.0000 解质量估计 total_estimate 0.7114 解质量评级 solution_quality
REASONABLE
a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 14.8 Å 偏度 Skewness skewness 0.473 峰度 Kurtosis kurtosis -0.248 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 200200.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.781;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 0.368;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.832;
Smooth: 0.966
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 24.288 Å 晶胞边长 b length_b 40.068 Å 晶胞边长 c length_c 65.989 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 8
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 21 21 21 空间群编号 int_tables_number 19 晶系 crystal_system —
精修参数 Refinement
分辨率 resolution 1.640 Å 最低分辨率 resolution_low 8.000 Å R 因子 r_factor 0.2286 R_work r_work — R_free r_free 0.3002
衍射实验 Diffraction
Entity 1
polymer
描述 description 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3' 分子量 formula_weight 3663.4 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 2
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A,B 原子数 atom_count 596
CGCGAATTCGCG
Entity 2
non-polymer
描述 description MAGNESIUM ION 分子量 formula_weight 24.3 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
Entity 3
non-polymer
描述 description 2-(4'-AMIDINOBIPHENYL-4-YL)-1H-BENZIMIDAZOLE-5-AMIDINE 分子量 formula_weight 354.4 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
Entity 4
water
描述 description water 分子量 formula_weight 18.0 kDa 来源方法 src_method nat 拷贝数 entity_count 82
Out-of-Shape DNA Minor Groove Binders: Induced Fit Interactions of Heterocyclic Dications with the DNA Minor Groove.
Biochemistry (2005)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/b0/2b0k/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/b0/2b0k/2b0k.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/b0/2b0k/2b0k_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/b0/2b0k/2b0k.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/b0/2b0k/2b0k.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/b0/2b0k/2b0k.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/b0/2b0k/2b0k_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/b0/2b0k/2b0k.fit
pddf
/app/data/pr_computation/b0/2b0k/2b0k.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/b0/2b0k/2b0k.dat
