SAXSdb — 2bbv

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bbv
沉积日期 deposition_date	1994-06-06
结构标题 title	THE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN INSECT VIRUS AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	PROTEIN-RNA COMPLEX, DOUBLE HELIX, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.88 Å
零角强度 I(0) i0	184768000.00
分子量 molecular_weight	108250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135260 Å³
包络体积 envelope_volume	160360 Å³
水化壳体积 shell_volume	44773 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.35 Å
包络 Rg envelope_rg	29.13 Å
形状 Rg shape_rg	28.84 Å
总 Rg total_rg	29.72 Å
总原子数 total_atoms	7609
残基数 n_residues	995
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	184800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6885
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	37310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPCPUPUPAPUPAPUPCPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3060.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	7817

UCUUAUAUCU

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
分子量 formula_weight	39436.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MVRNNNRRRQRTQRIVTTTTQTAPVPQQNVPKQPRRRRNRARRNRRQGRAMNMGALTRLSQPGLAFLKCAFAPPDFNTDPGKGIPDRFEGKVVTRKDVLNQSINFTANRDTFILIAPTPGVAYWVADVPAGTFPISTTTFNAVNFPGFNSMFGNAAASRSDQVSSFRYASMNVGIYPTSNLMQFAGSITVWKCPVKLSNVQFPVATTPATSALVHTLVGLDGVLAVGPDNFSESFIKGVFSQSVCNEPDFEFSDILEGIQTLPPANVTVATSGQPFNLAAGAEAVSGIVGWGNMDTIVIRVSAPTGAVNSAILKTWACLEYRPNPNAMLYQFGHDSPPCDEVALQEYRTVARSLPVAVIAAQN

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (BLACK BEETLE VIRUS CAPSID PROTEIN)
分子量 formula_weight	4459.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

ASMWERVKSIIKSSLAMASNVPGPIGIAASGLSGLSALFEGFGF

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	208

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2bbva_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d2bbvb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d2bbvc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2bbvA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2bbvB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2bbvC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	362.000 Å
晶胞边长 b length_b	362.000 Å
晶胞边长 c length_c	362.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	360

空间群 space_group	P 42 3 2
空间群编号 int_tables_number	208
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bb/2bbv/2bbv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bb/2bbv/2bbv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bb/2bbv/2bbv.dat

THE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN INSECT VIRUS AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)