SAXSdb — 2bj4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bj4
沉积日期 deposition_date	2005-01-28
结构标题 title	ESTROGEN RECEPTOR ALPHA LBD IN COMPLEX WITH A PHAGE-DISPLAY DERIVED PEPTIDE ANTAGONIST
关键词 keywords	;NUCLEAR RECEPTOR, TRANSCRIPTION FACTOR, PEPTIDE ANTAGONIST, LIGAND-BINDING DOMAIN (LBD), DNA-BINDING, NUCLEAR PROTEIN STEROID-BINDING ;; NUCLEAR RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.09 Å
零角强度 I(0) i0	43395000.00
分子量 molecular_weight	52877.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66970 Å³
包络体积 envelope_volume	77275 Å³
水化壳体积 shell_volume	28230 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.69 Å
包络 Rg envelope_rg	22.48 Å
形状 Rg shape_rg	22.12 Å
总 Rg total_rg	22.89 Å
总原子数 total_atoms	3707
残基数 n_residues	461
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8824
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.188
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.339
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.979

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ESTROGEN RECEPTOR
分子量 formula_weight	28672.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3922

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMENSLALSLTADQMVSALLDAEPPILYSEYDPTRPFSEASMMGLLTNLADRELVHMINWAKRVPGFVDLTLHDQVHLLECAWLEILMIGLVWRSMEHPGKLLFAPNLLLDRNQGKCVEGMVEIFDMLLATSSRFRMMNLQGEEFVCLKSIILLNSGVYTFLSSTLKSLEEKDHIHRVLDKITDTLIHLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNV

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ESTROGEN RECEPTOR
分子量 formula_weight	28730.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMENSLALSLTADQMVSALLDAEPPILYSEYDPTRPFSEASMMGLLTNLADRELVHMINWAKRVPGFVDLTLHDQVHLLECAWLEILMIGLVWRSMEHPGKLLFAPNLLLDRNQGKCVEGMVEIFDMLLATSSRFRMMNLQGEEFVCLKSIILLNSGVYTFLSSTLKSLEEKDHIHRVLDKITDTLIHLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNV

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	PEPTIDE ANTAGONIST
分子量 formula_weight	1303.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

LTSRDFGSWYA

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-HYDROXYTAMOXIFEN
分子量 formula_weight	387.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	179

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bj4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2bj4B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.760 Å
晶胞边长 b length_b	98.760 Å
晶胞边长 c length_c	105.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	28.990 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/bj/2bj4/2bj4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bj/2bj4/2bj4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bj/2bj4/2bj4.dat

ESTROGEN RECEPTOR ALPHA LBD IN COMPLEX WITH A PHAGE-DISPLAY DERIVED PEPTIDE ANTAGONIST

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)