2cdm

The structure of TrwC complexed with a 27-mer DNA comprising the recognition hairpin and the cleavage site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cdm
沉积日期 deposition_date	2006-01-25
结构标题 title	The structure of TrwC complexed with a 27-mer DNA comprising the recognition hairpin and the cleavage site
关键词 keywords	DNA/DNA-BINDING PROTEIN, RELAXASE, BACTERIAL CONJUGATION, DNA TRANSFER, DNA-PROTEIN COMPLEX, DNA-DNA-BINDING PROTEIN complex; DNA/DNA-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.03 Å
零角强度 I(0) i0	132395000.00
分子量 molecular_weight	78084.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92119 Å³
包络体积 envelope_volume	124520 Å³
水化壳体积 shell_volume	33718 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.54 Å
包络 Rg envelope_rg	30.56 Å
形状 Rg shape_rg	30.99 Å
总 Rg total_rg	31.64 Å
总原子数 total_atoms	5407
残基数 n_residues	601
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8957
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.776
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.775

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	TRWC
分子量 formula_weight	33066.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5644

MLSHMVLTRQDIGRAASFYEDGADDYYAKDGDASEWQGKGAEELGLSGEVDSKRFRELLAGNIGEGHRIMRSATRQDSKERIGLDLTFSAPKSVSLQALVAGDAEIIKAHDRAVARTLEQAEARAQARQKIQGKTRIETTGNLVIGKFRHETSRERDPQLHTHAVILNMTKRSDGQWRALKNDEIVKATRYLGAVYNAELAHELQKLGYQLRYGKDGNFDLAHIDRQQIEGFSKRTEQIAEWYAARGLDPNSVSLEQKQAAKVLSRAKKTSVDREALRAEWQATAKELGIDFS

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(GPCPGPCPAPCPCPGPAPAP APGPGPTPGPCPGPTPAPTPTPGPTPCPTPAP*T)-3' ;
分子量 formula_weight	8332.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D

GCGCACCGAAAGGTGCGTATTGTCTAT

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	237

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	148.383 Å
晶胞边长 b length_b	148.383 Å
晶胞边长 c length_c	79.505 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/cd/2cdm/2cdm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cd/2cdm/2cdm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cd/2cdm/2cdm.dat

The structure of TrwC complexed with a 27-mer DNA comprising the recognition hairpin and the cleavage site

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)