SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 2e4i 沉积日期 deposition_date 2006-12-11 结构标题 title ;Human Telomeric DNA mixed-parallel/antiparallel quadruplex under Physiological Ionic Conditions Stabilized by Proper Incorporation of 8-Bromoguanosines
; 关键词 keywords telomere, quadruplex, mixed-parallel/antiparallel, DNA; DNA 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 11.15 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 10.39 Å 零角强度 I(0) i0 3126830.00 分子量 molecular_weight 7381.0 kDa 排除体积 excluded_volume 6782 ų 包络体积 envelope_volume 8391 ų 水化壳体积 shell_volume 7227 ų 包络直径 envelope_diameter 33.5 Å 壳层 Rg shell_rg 15.31 Å 包络 Rg envelope_rg 10.69 Å 形状 Rg shape_rg 10.20 Å 总 Rg total_rg 11.40 Å 总原子数 total_atoms 715 残基数 n_residues 17 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 35.4 Å Rg (实空间) rg_real 11.10 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.19 Å I(0) (实空间) i0_real 3.1270e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.0330e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 11.10 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 3127000.0000 解质量估计 total_estimate 0.8929 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 13.5 Å 偏度 Skewness skewness 0.210 峰度 Kurtosis kurtosis -0.350 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 510000.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.878;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.998;
Smooth: 0.971
Entity 1
polymer
描述 description ;DNA (5'-D(*DAP*(BGM)P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*(BGM)P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*(BGM)P*(BGM)P*DGP*DTP*DTP*DAP*(BGM)P*DGP*DG)-3')
; 分子量 formula_weight 7378.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 715
AGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
Structure of a human telomeric DNA sequence stabilized by 8-bromoguanosine substitutions, as determined by NMR in a K+ solution
Febs J. (2007)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/e4/2e4i/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/e4/2e4i/2e4i.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/e4/2e4i/2e4i_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/e4/2e4i/2e4i.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/e4/2e4i/2e4i.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/e4/2e4i/2e4i.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/e4/2e4i/2e4i_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/e4/2e4i/2e4i.fit
pddf
/app/data/pr_computation/e4/2e4i/2e4i.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/e4/2e4i/2e4i.dat
