SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 2ezf 沉积日期 deposition_date 1997-06-04 结构标题 title ;SOLUTION STRUCTURE OF A COMPLEX OF THE THIRD DNA BINDING DOMAIN OF HUMAN HMG-I(Y) BOUND TO DNA DODECAMER CONTAINING THE PRDII SITE OF THE INTERFERON-BETA PROMOTER, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
; 关键词 keywords ;DNA BINDING PROTEIN, MINOR GROOVE DNA BINDING, TRANSCRIPTIONAL CO-ACTIVATOR, ARCHITECTURAL FACTOR, COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA), DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
;; DNA BINDING PROTEIN/DNA 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 14.75 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 14.24 Å 零角强度 I(0) i0 3323390.00 分子量 molecular_weight 8479.0 kDa 排除体积 excluded_volume 8582 ų 包络体积 envelope_volume 12188 ų 水化壳体积 shell_volume 8219 ų 包络直径 envelope_diameter 49.7 Å 壳层 Rg shell_rg 18.09 Å 包络 Rg envelope_rg 14.45 Å 形状 Rg shape_rg 14.16 Å 总 Rg total_rg 14.96 Å 总原子数 total_atoms 940 残基数 n_residues 34 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 50.6 Å Rg (实空间) rg_real 14.85 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.29 Å I(0) (实空间) i0_real 3.3230e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.3390e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 14.85 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 3323000.0000 解质量估计 total_estimate 0.8567 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 15.4 Å 偏度 Skewness skewness 0.493 峰度 Kurtosis kurtosis -0.245 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 294300.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.782;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.797;
Smooth: 0.991
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 1 空间群编号 int_tables_number 1 晶系 crystal_system —
Entity 1
polymer
描述 description ;DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
; 分子量 formula_weight 3662.4 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id B 原子数 atom_count 940
GGGAAATTCCTC
Entity 2
polymer
描述 description ;DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
; 分子量 formula_weight 3662.4 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id C
GAGGAATTTCCC
Entity 3
polymer
描述 description HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN HMG-I/HMG-Y 分子量 formula_weight 1185.5 kDa 来源方法 src_method man 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polypeptide(L) 链编号 strand_id A
GRKPRGRPKK
来源 Source
来源生物 organism Homo sapiens 通用名 common_name human NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id 9606 宿主生物 host_organism Escherichia coli
SCOP 2.08 (1 domains)
结构域编号 domain_id d2ezfa_ 类 Class class j — Peptides折叠类型 Fold fold j.10 — DNA-binding domains of HMG-I(Y)超家族 Superfamily superfamily j.10.1 — DNA-binding domains of HMG-I(Y)家族 Family family j.10.1.1 — DNA-binding domains of HMG-I(Y)
The solution structure of an HMG-I(Y)-DNA complex defines a new architectural minor groove binding motif.
Nat.Struct.Biol. (1997)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/ez/2ezf/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/ez/2ezf/2ezf.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/ez/2ezf/2ezf_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/ez/2ezf/2ezf.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/ez/2ezf/2ezf.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/ez/2ezf/2ezf.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/ez/2ezf/2ezf_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/ez/2ezf/2ezf.fit
pddf
/app/data/pr_computation/ez/2ezf/2ezf.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/ez/2ezf/2ezf.dat
