2gjm

Crystal structure of Buffalo lactoperoxidase at 2.75A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gjm
沉积日期 deposition_date	2006-03-31
结构标题 title	Crystal structure of Buffalo lactoperoxidase at 2.75A resolution
关键词 keywords	LACTOPEROXIDASE, BUFFALO, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.87 Å
零角强度 I(0) i0	85163300.00
分子量 molecular_weight	70446.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87056 Å³
包络体积 envelope_volume	102820 Å³
水化壳体积 shell_volume	34089 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.61 Å
包络 Rg envelope_rg	24.31 Å
形状 Rg shape_rg	23.83 Å
总 Rg total_rg	24.90 Å
总原子数 total_atoms	4894
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6755
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.120; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Lactoperoxidase
分子量 formula_weight	66626.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5088

VKCDENSPYRTITGDCNNRRSPALGAANRALARWLPAEYEDGLALPFGWTQRKTRNGFRVPLAREVSNKIVGYLDEEGVLDQNRSLLFMQWGQIVDHDLDFAPETELGSNEHSKTQCEEYCIQGDNCFPIMFPKNDPKLKTQGKCMPFFRAGFVCPTPPYQSLAREQINAVTSFLDASLVYGSEPSLASRLRNLSSPLGLMAVNQEAWDHGLAYLPFNNKKPSPCEFINTTARVPCFLAGDFRASEQILLATAHTLLLREHNRLARELKKLNPHWNGEKLYQEARKILGAFIQIITFRDYLPIVLGSEMQKWIPPYQGYNNSVDPRISNVFTFAFRFGHMEVPSTVSRLDENYQPWGPEAELPLHTLFFNTWRIIKDGGIDPLTRGLLAKKSKLMNQDKMVTSELRNKLFQPTHKIHGFDLAAINLQRCRDHGMPGYNSWRGFCGLSQPKTLKGLQTVLKNKILAKKLMDLYKTPDNIDIWIGGNAEPMVERGRVGPLLACLLGRQFQQIRDGDRFWWENPGVFTEKQRDSLQKFSFSRLICDNTHITKVPLHAFQANNYPHDFVDCSTVDKLDLSPWASREN

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2gjmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.240 Å
晶胞边长 b length_b	80.472 Å
晶胞边长 c length_c	77.348 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2160

fit	/app/data/saxs_computation/gj/2gjm/2gjm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/2gjm/2gjm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/2gjm/2gjm.dat