8df8

Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 40 base pair symmetric DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 158.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8df8
沉积日期 deposition_date	2022-06-21
结构标题 title	Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 40 base pair symmetric DNA complex
关键词 keywords	Topoisomerase V Type IC, Abasic DNA, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.66 Å
零角强度 I(0) i0	817961000.00
分子量 molecular_weight	217230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264560 Å³
包络体积 envelope_volume	372670 Å³
水化壳体积 shell_volume	70330 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.6 Å
壳层 Rg shell_rg	48.01 Å
包络 Rg envelope_rg	44.87 Å
形状 Rg shape_rg	45.72 Å
总 Rg total_rg	45.57 Å
总原子数 total_atoms	15190
残基数 n_residues	1777
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	817700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8300
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.545
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.191
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	210000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.855; Smooth: 0.808

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Topoisomerase V
分子量 formula_weight	97110.4 kDa
突变 mutation	K809A, K820A, K831A, K835A, K846A, K851A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15241

MALVYDAEFVGSEREFEEERETFLKGVKAYDGVLATRYLMERSSSAKNDEELLELHQNFILLTGSYACSIDPTEDRYQNVIVRGVNFDERVQRLSTGGSPARYAIVYRRGWRAIAKALDIDEEDVPAIEVRAVKRNPLQPALYRILVRYGRVDLMPVTVDEVPPEMAGEFERLIERYDVPIDEKEERILEILRENPWTPHDEIARRLGLSVSEVEGEKDPESSGIYSLWSRVVVNIEYDERTAKRHVKRRDRLLEELYEHLEELSERYLRHPLTRRWIVEHKRDIMRRYLEQRIVECALKLQDRYGIREDVALCLARAFDGSISMIATTPYRTLKDVCPDLTLEEAKSVNRTLATLIDEHGLSPDAADELIEHFESIAGILATDLEEIERMYEEGRLSEEAYRAAVEIQLAELTKKEGVGRKTAERLLRAFGNPERVKQLAREFEIEKLASVEGVGERVLRSLVPGYASLISIRGIDRERAERLLKKYGGYSKVREAGVEELREDGLTDAQIRELKGLKTLESIVGDLEKADELKRKYGSASAVRRLPVEELRELGFSDDEIAEIKGIPKKLREAFDLETAAELYERYGSLKEIGRRLSYDDLLELGATPKAAAEIKGPEFKFLLNIEGVGPKLAERILEAVDYDLERLASLNPEELAEKVEGLGEELAERVVYAARERVESRRKSGRQERSEEEWKEWLERKVGEGRARRLIEYFGSAGEVGKLVENAEVSKLLEVPGIGDEAVARLVPGYKTLRDAGLTPAEAERVLKRYGSVSKVQEGATPDELRELGLGDAKIARILGLRSLVNARLDVDTAYELARRYGSVSAVRAAPVAELRELGLSDRAIARIAGIP

来源 Source

来源生物 organism	Methanopyrus kandleri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (42-MER)
分子量 formula_weight	12915.3 kDa
突变 mutation	GUA U13 is an abasic site
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U

TGCCTGCACGAAGTAAGCATATGCTTACTTCGTGCAGGCACA

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (42-MER)
分子量 formula_weight	12946.3 kDa
突变 mutation	GUA V13 is an abasic site
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V

TGCCTGCACGAAGTAAGCATATGCTTACTTCGTGCAGGCATG

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHITE ION
分子量 formula_weight	79.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.941 Å
晶胞边长 b length_b	120.941 Å
晶胞边长 c length_c	497.569 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	58.760 Å
R 因子 r_factor	0.2587
R_work r_work	0.2571
R_free r_free	0.2877

fit	/app/data/saxs_computation/df/8df8/8df8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/8df8/8df8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/8df8/8df8.dat

Structure of M. kandleri topoisomerase V in complex with DNA. 40 base pair symmetric DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)