8dfh

Crystal structure of non-neutralizing / interfering human monoclonal antibody 42C3 Fab in complex with MSP1-19

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dfh
沉积日期 deposition_date	2022-06-22
结构标题 title	Crystal structure of non-neutralizing / interfering human monoclonal antibody 42C3 Fab in complex with MSP1-19
关键词 keywords	;Merozoite Surface Protein 1 (MSP1), Antigenic Diversion, Plasmodium falciparum, Antigen-Antibody complex, STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.68 Å
零角强度 I(0) i0	54891600.00
分子量 molecular_weight	55934.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69103 Å³
包络体积 envelope_volume	87284 Å³
水化壳体积 shell_volume	27639 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.6 Å
壳层 Rg shell_rg	33.43 Å
包络 Rg envelope_rg	27.73 Å
形状 Rg shape_rg	27.63 Å
总 Rg total_rg	28.39 Å
总原子数 total_atoms	7660
残基数 n_residues	521
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8496
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	97.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.528
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.170
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7544000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.764; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.810; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Merozoite surface protein 1
分子量 formula_weight	11759.9 kDa
突变 mutation	S3A, T48A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7739

ETGNIAQHQCVKKQCPENSGCFRHLDEREECKCLLNYKQEGDKCVENPNPACNENNGGCDADATCTEEDSGSSRKKITCECTKPDSYPLFDGIFCSGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	42C3 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25443.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGIQVQVVESGGGVVQPGGSLRLSCLASGFTFSDFGFHWVRQSPGKGLEWVTYTRYDGRNEYGESVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNTLRLEDTAIYYCGRSGAKWASEPMDVWGGGTTVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	42C3 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23011.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MGIQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSKSNIGSYYVYWYQQVPGTAPKLLIHRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYHCSVWDDNLNGLVFGGGTKLTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	51

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8dfhH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8dfhH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8dfhL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8dfhL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.390 Å
晶胞边长 b length_b	75.720 Å
晶胞边长 c length_c	117.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.830 Å
R 因子 r_factor	0.2105
R_work r_work	0.2093
R_free r_free	0.2329

fit	/app/data/saxs_computation/df/8dfh/8dfh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/8dfh/8dfh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/8dfh/8dfh.dat

Crystal structure of non-neutralizing / interfering human monoclonal antibody 42C3 Fab in complex with MSP1-19

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)