8dil

Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 187.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dil
沉积日期 deposition_date	2022-06-29
结构标题 title	Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica
关键词 keywords	nitroreductase, structural genomics, CSGID, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.91 Å
零角强度 I(0) i0	224399000.00
分子量 molecular_weight	121230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151040 Å³
包络体积 envelope_volume	196080 Å³
水化壳体积 shell_volume	38939 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.49 Å
包络 Rg envelope_rg	52.58 Å
形状 Rg shape_rg	51.93 Å
总 Rg total_rg	51.44 Å
总原子数 total_atoms	8501
残基数 n_residues	1043
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	223900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6002
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.669
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.071; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.029; Smooth: 0.558

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative NAD(P)H nitroreductase
分子量 formula_weight	20151.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	9441

MDALELLVNRRSASRLAEPAPVGEQLQNILRAGMRVPDHKSLQPWRFFVIEGEGRDRFSAVLEQGAVAAGGDEKAIEKARNAPFRAPLIITVVAKCEENHKVPVWEQEMSAGCAVMAMQMAAIAQGFNGIWRSGALTESAIVREAFECRPQDKIVGFLYLGTPQLKASTTISTPDPTPFVRYF

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216597
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	874

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.588 Å
晶胞边长 b length_b	72.719 Å
晶胞边长 c length_c	172.854 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.090 Å
R 因子 r_factor	0.2302
R_work r_work	0.2281
R_free r_free	0.2741

fit	/app/data/saxs_computation/di/8dil/8dil.fit
pddf	/app/data/pr_computation/di/8dil/8dil.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/di/8dil/8dil.dat