SAXSdb — 8djm

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8djm
沉积日期 deposition_date	2022-07-01
结构标题 title	HMGCR-UBIAD1 Complex State 1
关键词 keywords	Cholesterol, MEMBRANE PROTEIN, Oxidoreductase-Immune System complex; Oxidoreductase/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.66 Å
零角强度 I(0) i0	134508000.00
分子量 molecular_weight	99795.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128130 Å³
包络体积 envelope_volume	166040 Å³
水化壳体积 shell_volume	42436 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.30 Å
包络 Rg envelope_rg	32.59 Å
形状 Rg shape_rg	32.63 Å
总 Rg total_rg	33.37 Å
总原子数 total_atoms	7032
残基数 n_residues	862
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.9 Å
Rg (实空间) rg_real	33.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9102
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.656
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.954

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
分子量 formula_weight	41215.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7032

MDYKDDDDKLSRLFRMHGLFVASHPWEVIVGTVTLTICMMSMNMFTGNNKICGWNYECPKFEEDVLSSDIIILTITRCIAILYIYFQFQNLRQLGSRYILGIAGLFTIFSSFVFSTVVIHFLDKELTGLNEALPFFLLLIDLSRASALAKFALSSNSQDEVRENIARGMAILGPTFTLDALVECLVIGVGTMSGVRQLEIMCCFGCMSVLANYFVFMTFFPACVSLVLELSRESREGRPIWQLSHFARVLEEEENRPNPVTQRVKMIMSLGLVLVHAHSRWIADPSPQNSTTEHSKVSLGLDEDVSKRIEPSVSLWQFYLSKMISMDIEQVVTLSLAFLLAVKYIFFEQAETESTLSLKNPITS

来源 Source

来源生物 organism	Cricetulus griseus
通用名 common_name	Chinese hamster
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10029
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	32780.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MASSWRQKCASYVLALRPWSFSASLTPVALGSALAYRSQGVLDPRLLVGCAVAVLAVHGAGNLVSTYYDFSKGIDHKKSDDRTLVDRILEPQDVVRFGVFLYTLGCVCAACLYYLSTLKLEHLALIYFGGLSGSFLYTGGIGFKYVALGDLIILITFGPLAVMFAYAVQVGSLAIFPLVYAIPLALSTEAILHSNNTRDMESDQEAGIVTLAILIGPTFSYVLYNTLLFLPYLIFSILATHCSISLALPLLTIPMAFSLERQFRSQAFNKLPQRTAKLNLLLGLFYVFGIILAPAGSLPRL

来源 Source

来源生物 organism	Cricetulus griseus
通用名 common_name	Chinese hamster
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10029
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	13470.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ARRLALEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLERARSTLQKEV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Fab 15B2 Light Chain
分子量 formula_weight	23373.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DILLTQSPAILSVSPGERVSFSCRASQSIGTSIHWYQQRTNGSPRLVIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQSNSWPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Fab 15B2 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25175.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYSFTGYFMNWVKQSHGKSLEWIGRINPYNGDTFYNQKFKGKATLTVDKSSRTAHMELRSLTSADSALYFCVRRGEDYGSSYNYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	Digitonin
分子量 formula_weight	1229.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8djmH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8djmL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.230 Å
最低分辨率 resolution_low	269.440 Å
R 因子 r_factor	0.4671
R_work r_work	0.4671
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	215396

fit	/app/data/saxs_computation/dj/8djm/8djm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/8djm/8djm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/8djm/8djm.dat

HMGCR-UBIAD1 Complex State 1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)