8dju

Cytosolic ascorbate peroxidase from Sorghum bicolor - bicyclic dehydroascorbic acid complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dju
沉积日期 deposition_date	2022-07-01
结构标题 title	Cytosolic ascorbate peroxidase from Sorghum bicolor - bicyclic dehydroascorbic acid complex
关键词 keywords	Cytosolic ascorbate peroxidase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.09 Å
零角强度 I(0) i0	13875300.00
分子量 molecular_weight	28120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35189 Å³
包络体积 envelope_volume	38324 Å³
水化壳体积 shell_volume	18423 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.68 Å
包络 Rg envelope_rg	17.38 Å
形状 Rg shape_rg	17.07 Å
总 Rg total_rg	18.15 Å
总原子数 total_atoms	3907
残基数 n_residues	250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8774
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.158
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	4602000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	L-ascorbate peroxidase
分子量 formula_weight	27251.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4235

MAKSYPTVSAEYSEAVEKARQKLRALIAEKSCAPLMLRLAWHSAGTFDVSSRTGGPFGTMKNPAELAHGANAGLDIAVRLLEPIKEEFPILSYADFYQLAGVVAVEVTGGPQIPFHPGREDKPQPPPEGRLPDATKGSDHLRQVFGKQMGLSDQDIVALSGGHTLGRCHKERSGFEGAWTSNPLVFDNSYFKELLSGDKEGLLQLPSDKALLSDPAFRPLVDKYAADEKAFFEDYKEAHLKLSELGFADA

来源 Source

来源生物 organism	Sorghum bicolor
通用名 common_name	sorghum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(3aS,6S,6aR)-3,3,3a,6-tetrahydroxytetrahydrofuro[3,2-b]furan-2(3H)-one (non-preferred name)
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	328

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8djuA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8djuA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.190 Å
晶胞边长 b length_b	75.303 Å
晶胞边长 c length_c	83.385 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	37.650 Å
R 因子 r_factor	0.1341
R_work r_work	0.1331
R_free r_free	0.1531

fit	/app/data/saxs_computation/dj/8dju/8dju.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/8dju/8dju.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/8dju/8dju.dat