SAXSdb — 8dk1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dk1
沉积日期 deposition_date	2022-07-01
结构标题 title	CryoEM structure of JetABC (head construct) from Pseudomonas aeruginosa PA14
关键词 keywords	;Wadjet, Bacterial defense systems, JetA, JetB, JetC, Anti-plasmid defense system, EptA, EptB, EptC, MksB, MksE, MksF, SMC, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.23 Å
零角强度 I(0) i0	1142940000.00
分子量 molecular_weight	276690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	345700 Å³
包络体积 envelope_volume	541460 Å³
水化壳体积 shell_volume	90566 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.8 Å
壳层 Rg shell_rg	53.41 Å
包络 Rg envelope_rg	49.26 Å
形状 Rg shape_rg	50.22 Å
总 Rg total_rg	50.39 Å
总原子数 total_atoms	19500
残基数 n_residues	2446
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.7 Å
Rg (实空间) rg_real	50.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1143000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6472
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.319
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.287
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	174200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.702

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	JetA
分子量 formula_weight	59233.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	19500

MKSSHHHHHHENLYFQSNAEESAQQRSERYVSARSQHPAWLLLASRRAPLVLGCLRTLFERAHDGIPMEDALQALSEMLAAYASQELYEIDPDATHLQAGRELREWIKRRLVVEREGRIYATDALESAIQFVDSLDSRIMTSTASRLSVVQREIENLETGLNPSPTGRIASLRRRIQDLEHELARVEAGHVDVLDEAQAIEGMREVYNLATSLRADFRRVEDSWREADRALRHSIISEQSHRGEIVDRLLDGQDALLNTPEGRVFESFQQQLRQSAELEVMRERLRTILRHPAVPKALNRPQQRELRWLALRLVRESQAVLQARARSERDVRGFMKTGLAAEHHRVGQLLNDFFNLALSVDWQRQSERRKPACLPPVGVAITGVPAIERLRFKTLDDDDAGELDLSLKPAGLEQIDDDFWDAFDGLDREALIHDTLAVLVEQGRPVSLGELASLLPPAHDLETFALWLAMAREAGIEVLTEERQFVELVDEDEQRWGFNLPYVGLDHEALKDIDWEL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	JetC
分子量 formula_weight	70675.4 kDa
突变 mutation	L783A, E1022Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MKSSHHHHHHENLYFQSNAKQALLWRDSETFILTSIELYNWGGFQGYHRAEIDPSGTAVIGPTGSGKTTLVDALMTLLCANPRYNLASTGGHESDRDLVSYVRGVTGPGDGGVEQSHIARQGKTVTAIAATLERDGAQVRLGAVLWFEGTSSSASDLKKLWLLSESPEQTLEHWLSQHHAGGMRALRQMEKDGMGIWPYPSKKAFLARLRDYFEVGENAFTLLNRAAGLKQLNSIDEIFRELVLDDRSAFERAAEVASSFDDLTDIHRELETARKQQRSLQPVADGWERYRALQEQLQDKQASGSSGSSGSSGQAKTLGEKLGDQKTELAKRMSDALKADTGALAEVGRELVDVPRYLERLRVLTEEALPEKLKRFLEYLNRSSDDGVTQLLSYIDHEVSMIEERLDDLNSTMQRVDFQPGRYLRLVAKKVIHESLRTLQHAQRQLNSARFIDDEGESHYKALQALVGLLKDACEHSRNQGAKALLDPRFRLEFAVSVIDREGNNLIETRTGSQGGSGGEKEIIASYVLTASLSYALCPDGSSRPLFGTIVLDQAFSRSSHAVAGRIIAALREFGLHAVFITPNKEMRLLRHHTRSAVVVHRRGVESSLVSLSWEALDEHHQQRIRAMHEVAH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	JetB
分子量 formula_weight	27537.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MAGIFDRIAGASGADETELTAEPMALDDGMDGEQPAMSANIQVDERRTPQRVREAVQEMLKYGLLEESHKPNLYRSALTNIEVVDRILEPLDLAMGVDEVRGLVFVTVRQGEVAEQDDWSHPLVRRQRLNLEQSLLIAILRQHFIAYEQESGTGASQALVAVDELIPQLQVYLGELGSEAKERNRIITLLDQLKGHGLVSALDAHDRVIIRPIITHLANPENLQALVVWLREQVEGAVTPAAGGEEDEA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PA14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	130904

fit	/app/data/saxs_computation/dk/8dk1/8dk1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/8dk1/8dk1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/8dk1/8dk1.dat

CryoEM structure of JetABC (head construct) from Pseudomonas aeruginosa PA14

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)