8dkm

Cryo-EM structure of cystine-bound cystinosin in a lumen-open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 112.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dkm
沉积日期 deposition_date	2022-07-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of cystine-bound cystinosin in a lumen-open state
关键词 keywords	Cystine, transporter, lysosome, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-Transport protein complex; MEMBRANE PROTEIN/Transport protein
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.74 Å
零角强度 I(0) i0	53262800.00
分子量 molecular_weight	61936.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78939 Å³
包络体积 envelope_volume	104520 Å³
水化壳体积 shell_volume	26834 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.10 Å
包络 Rg envelope_rg	33.05 Å
形状 Rg shape_rg	33.71 Å
总 Rg total_rg	34.28 Å
总原子数 total_atoms	4383
残基数 n_residues	553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8355
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.763
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6288000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.562; Smooth: 0.909

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab 3H5 Heavy Chain
分子量 formula_weight	26768.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4383

MGWSCIILFLVATATGVHSEVMLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSNYAMSWVRQTPEKRLEWVAAISGNEGTYTYYPDSVRGRFTISRDNARNNLYLQISSLRSEDTALYYCARYGLVGALDFWGQGASVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 3H5 Kappa chain
分子量 formula_weight	25468.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGWSCIILFLVATATGVHSDIQMNQSPSTLSASLGDTITITCRASQNIDVWLNWYQQKPGDIPKLLIYEASNLHTGVPSRFSGSGSGTDFTLAISSLQPEDIATYYCLQGQDYPFTFGSGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Isoform 2 of Cystinosin
分子量 formula_weight	46080.4 kDa
突变 mutation	T260I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MIRNWLTIFILFPLKLVEKCESSVSLTVPPVVKLENGSSTNVSLTLRPPLNATLVITFEITFRSKNITILELPDEVVVPPGVTNSSFQVTSQNVGQLTVYLHGNHSNQTGPRIRFLVIRSSAISIINQVIGWIYFVAWSISFYPQVIMNWRRKSVIGLSFDFVALNLTGFVAYSVFNIGLLWVPYIKEQFLLKYPNGVNPVNSNDVFFSLHAVVLTLIIIVQCCLYERGGQRVSWPAIGFLVLAWLFAFVTMIVAAVGVITWLQFLFCFSYIKLAVTLVKYFPQAYMNFYYKSTEGWSIGNVLLDFTGGSFSLLQMFLQSYNNDQWTLIFGDPTKFGLGVFSIVFDVVFFIQHFCLYRKRPGLQAARTGSGSRLRQDWAPSLQPKALPQTTSVSASSLKGDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	L-cystine
分子量 formula_weight	240.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	589358

fit	/app/data/saxs_computation/dk/8dkm/8dkm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/8dkm/8dkm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/8dkm/8dkm.dat

Cryo-EM structure of cystine-bound cystinosin in a lumen-open state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)