8dlf

EBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repeat (FR) region

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 189.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dlf
沉积日期 deposition_date	2022-07-07
结构标题 title	EBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repeat (FR) region
关键词 keywords	EBNA1, OriP, EBV, family repeats (FR), VIRAL PROTEIN-DNA complex; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.22 Å
零角强度 I(0) i0	227851000.00
分子量 molecular_weight	103850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120770 Å³
包络体积 envelope_volume	178020 Å³
水化壳体积 shell_volume	30534 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.5 Å
壳层 Rg shell_rg	51.47 Å
包络 Rg envelope_rg	49.34 Å
形状 Rg shape_rg	51.18 Å
总 Rg total_rg	51.34 Å
总原子数 total_atoms	7163
残基数 n_residues	743
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.1 Å
Rg (实空间) rg_real	51.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	227500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6136
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.914
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7023000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.025; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.009; Smooth: 0.889

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Epstein-Barr nuclear antigen 1
分子量 formula_weight	17564.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7167

RRKKGGWFGKHRGQGGSNPKFENIAEGLRALLARSHVERTTDEGTWVAGVFVYGGSKTSLYNLRRGTALAIPQCRLTPLSRLPFGMAPGPGPQPGPLRESIVCYFMVFLQTHIFAEVLKDAIKDLVMTKPAPTCNIRVTVCSFDDGVDLPPWFPPMVEGA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
通用名 common_name	Epstein-Barr virus (strain B95-8)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	2XFR DNA (56-MER)
分子量 formula_weight	17241.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATCTGGGTAGTATATGCTATCCTAATTTATATCTGGGTAGCATAGGCTATCCTATC

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	chemical production metagenome

Entity 3 polymer

描述 description	2XFR DNA (56-MER)
分子量 formula_weight	17264.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GATAGGATAGCCTATGCTACCCAGATATAAATTAGGATAGCATATACTACCCAGAT

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	chemical production metagenome

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8dlfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	8dlfC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1242375

fit	/app/data/saxs_computation/dl/8dlf/8dlf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dl/8dlf/8dlf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dl/8dlf/8dlf.dat

EBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repeat (FR) region

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)