8dmu

Crystal structure of macrodomain CG3568 from Drosophila melanogaster in complex with ADP-ribose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dmu
沉积日期 deposition_date	2022-07-08
结构标题 title	Crystal structure of macrodomain CG3568 from Drosophila melanogaster in complex with ADP-ribose
关键词 keywords	Macrodomain, ADP-ribose, Complex, Glycohydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.35 Å
零角强度 I(0) i0	713978000.00
分子量 molecular_weight	213920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264940 Å³
包络体积 envelope_volume	334840 Å³
水化壳体积 shell_volume	67675 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.96 Å
包络 Rg envelope_rg	38.71 Å
形状 Rg shape_rg	39.34 Å
总 Rg total_rg	39.81 Å
总原子数 total_atoms	15050
残基数 n_residues	1901
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	714100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9058
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.649
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	172900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.909

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CG3568
分子量 formula_weight	55098.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16466

GPLGSWPGKRTNLPENAFTQRMLQECGQMAKPDASVDLDNFKAISEQSPAEFGIDSCRVKAQPEDRSDRIREQIASAYPVIHERTLLLFISFLEHKLTFGSEQEKAIYKDMTVVDLVQRLLAKRCVWFFGANDYYRTMQGNIGNEGFEAVGTPAEKEPLTLTSVLSYDEIKLSALLYVSCHSEFINNGSRVNGGEVLQNKDTIEREGVVIGLIGARFERPDVMEYQDIMITKTQNTEANGYGFDLEQISSETVTPASDLRRIWREFYEEPRDFIYADTPYDTTRFEEVSQGIFDHQVMRKRYAISFDTLLLEAQDRAFKAGKPAYIHVVGIGLGVWKAARQQERTFLESFEGRLRALGERLSHIGVVHFSWFHLACVGSLHDGAIIPVDKHPQGGIRIRNSVRNPGDKLTEDMLPVVTYAWDGNALPGNEFWANMLISTGDPAAACSTLISELQNPHINVHYMNGANLHIASVEHGLLHVGDYARRLIV

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1410

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.048 Å
晶胞边长 b length_b	129.805 Å
晶胞边长 c length_c	199.433 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	92.250 Å
R 因子 r_factor	0.2338
R_work r_work	0.2317
R_free r_free	0.2731

fit	/app/data/saxs_computation/dm/8dmu/8dmu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/8dmu/8dmu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/8dmu/8dmu.dat