SAXSdb — 8dnc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dnc
沉积日期 deposition_date	2022-07-11
结构标题 title	CryoEM structure of the A. aeolicus WzmWzt transporter bound to the native O antigen and ADP
关键词 keywords	O antigen, ABC transporter, CBD-dependent, TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.75 Å
零角强度 I(0) i0	277012000.00
分子量 molecular_weight	150640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194920 Å³
包络体积 envelope_volume	271540 Å³
水化壳体积 shell_volume	57897 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.18 Å
包络 Rg envelope_rg	38.03 Å
形状 Rg shape_rg	39.77 Å
总 Rg total_rg	40.05 Å
总原子数 total_atoms	10672
残基数 n_residues	1300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.1 Å
Rg (实空间) rg_real	39.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	277000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.376
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.920

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ABC transporter
分子量 formula_weight	46284.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10672

MGIRVFDVWKKYKYYKKPQDRLKEIIFRKPFHEELWVLKGINLEIEKGEVLGIVGPNGAGKSTLLKVITGVTEPDKGFVERSGKVVGLLELGTGFNYELSGLENIYVNASLLGLSRREIDEKLESIIEFSELDDFINKPLKTYSSGMIMRLAFSIAIHTEPECFIIDEALAVGDAHFQQKCFRKLKEHKQKGGSIIFVSHDMNAVKILCDRAILLHKGEIIEEGSPETVTQAYYKLMASLENKEGITFLQNGYGNFKAVIKEVRLKSEHGYTNNFPSGDTLFIELDVEAKEDLQDVVAGILIRDRFGQDIFGINTYLMEKKVELKKGKYLFTFKMPLNLAPGKYTLTVALHKGMDHAQECYHWIDNVCNFEVNGFKKEQFVGVCYLPTEFNYRKIPKLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Transport permease protein
分子量 formula_weight	30027.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MNLSLILELVRQEIKNRYADTVLGIWWAFLWPILLVLIYTLIFSHLIGAKLGHENTVYAYSIYLSSGIFPWFFFSNSLSRITGIFTEKKFLFTKIPIRLEVFPVVVIISELINYLIGISLVTLISFITLGFEGIKYFYLFPVALYLMIVYSFSIGMVLGTLNVFFRDIKEIIGVFLQIFFWFTPIVYTLDILPPFVKKLIYYNPMYPVVSIHHLVFVNYLDLHLYSLLGFLLASPLVFFVSYYFFKKLEKDIKDFA

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 branched

描述 description	6-deoxy-3-O-methyl-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-D-rhamnopyranose
分子量 formula_weight	470.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8dncA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dncA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — abc- transporter (atp binding component) like domain

结构域编号 domain_id	8dncC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	443584

fit	/app/data/saxs_computation/dn/8dnc/8dnc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dn/8dnc/8dnc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dn/8dnc/8dnc.dat

CryoEM structure of the A. aeolicus WzmWzt transporter bound to the native O antigen and ADP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)