8dqj

;Crystal structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase from Methanomethylophilus alvus engineered for acridone amino acid (AST) bound to ATP and acridone ;

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dqj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dqj
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8dqj
沉积日期 deposition_date2022-07-19
结构标题 title;Crystal structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase from Methanomethylophilus alvus engineered for acridone amino acid (AST) bound to ATP and acridone ;
关键词 keywordsGenetic code expansion, Methanomethylophilus alvus, pyrrolysyl-tRNA synthetase, acridone, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.72
零角强度 I(0) i057316700.00
分子量 molecular_weight57932.0 kDa
排除体积 excluded_volume71980 ų
包络体积 envelope_volume86454 ų
水化壳体积 shell_volume29428 ų
包络直径 envelope_diameter104.2
壳层 Rg shell_rg31.48
包络 Rg envelope_rg25.28
形状 Rg shape_rg24.76
总 Rg total_rg25.29
总原子数 total_atoms7963
残基数 n_residues522
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.6
Rg (实空间) rg_real25.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real5.7320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57320000.0000
解质量估计 total_estimate0.7976
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary85.1
偏度 Skewness skewness0.454
峰度 Kurtosis kurtosis0.228
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12510000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.499; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.979

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8dqjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)