SAXSdb — 8dqp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dqp
沉积日期 deposition_date	2022-07-19
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana COSY in complex with scopoletin
关键词 keywords	Coumarin Synthase, Trans/Cis Isomerase, BAHD Acyltransferase, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.04 Å
零角强度 I(0) i0	136661000.00
分子量 molecular_weight	93485.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117400 Å³
包络体积 envelope_volume	146870 Å³
水化壳体积 shell_volume	41227 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.09 Å
包络 Rg envelope_rg	28.95 Å
形状 Rg shape_rg	29.02 Å
总 Rg total_rg	29.85 Å
总原子数 total_atoms	6590
残基数 n_residues	835
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9068
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Coumarin Synthase
分子量 formula_weight	49732.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6718

MATLEITDIALVQPSHQPLSNDQTLSLSHLDNDNNLHVSFRYLRVYSSSSSTVAGESPSAVVSASLATALVHYYPLAGSLRRSASDNRFELLCSAGQSVPLVNATVNCTLESVGYLDGPDPGFVERLVPDPTREEGMVNPCILQVTMFQCGGWVLGASIHHAICDGLGASLFFNAMAELARGATKISIEPVWDRERLLGPREKPWVGAPVRDFLSLDKDFDPYGQAIGDVKRDCFFVTDDSLDQLKAQLLEKSGLNFTTFEALGAYIWRAKVRAAKTEEKENVKFVYSINIRRLMNPPLPKGYWGNGCVPMYAQIKAGELIEQPIWKTAELIKQSKSNTSDEYVRSFIDFQELHHKDGINAGTGVTGFTDWRYLGHSTIDFGWGGPVTVLPLSNKLLGSMEPCFFLPYSTDAAAGSKKDSGFKVLVNLRESAMPEFKEAMDKFHKGEFALS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one
分子量 formula_weight	192.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	122

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8dqpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	559 — Chloramphenicol Acetyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chloramphenicol acetyltransferase-like domain

结构域编号 domain_id	8dqpA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	559 — Chloramphenicol Acetyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chloramphenicol acetyltransferase-like domain

结构域编号 domain_id	8dqpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	559 — Chloramphenicol Acetyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chloramphenicol acetyltransferase-like domain

结构域编号 domain_id	8dqpB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	559 — Chloramphenicol Acetyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chloramphenicol acetyltransferase-like domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.459 Å
晶胞边长 b length_b	58.349 Å
晶胞边长 c length_c	273.281 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	68.320 Å
R 因子 r_factor	0.1781
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2808

fit	/app/data/saxs_computation/dq/8dqp/8dqp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dq/8dqp/8dqp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dq/8dqp/8dqp.dat

Crystal structure of Arabidopsis thaliana COSY in complex with scopoletin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution