8dtw

The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023036

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dtw
沉积日期 deposition_date	2022-07-26
结构标题 title	The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023036
关键词 keywords	NUCLEASE, INFLUENZA, INHIBITOR RESISTANCE, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.09 Å
零角强度 I(0) i0	9272510.00
分子量 molecular_weight	21863.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27007 Å³
包络体积 envelope_volume	30764 Å³
水化壳体积 shell_volume	16022 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.14 Å
包络 Rg envelope_rg	16.23 Å
形状 Rg shape_rg	16.09 Å
总 Rg total_rg	17.07 Å
总原子数 total_atoms	1528
残基数 n_residues	180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9273000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8854
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.195
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.363
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein PA-X
分子量 formula_weight	23136.3 kDa
突变 mutation	i38t
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1583

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAATCTHLEVCFMYSDGGSKHRFEIIEGRDRIMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRSLWDSFRQSER

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-hydroxy-N-[2-(2-methoxypyridin-4-yl)ethyl]-6-oxo-2-{[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-1,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	448.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	Hexa Vinylpyrrolidone K15
分子量 formula_weight	668.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	89.554 Å
晶胞边长 b length_b	89.554 Å
晶胞边长 c length_c	133.963 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	44.780 Å
R 因子 r_factor	0.2237
R_work r_work	0.2211
R_free r_free	0.2764

fit	/app/data/saxs_computation/dt/8dtw/8dtw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dt/8dtw/8dtw.pr.out
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