SAXSdb — 8du5

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8du5
沉积日期 deposition_date	2022-07-26
结构标题 title	Murine sialidase-1 (NEU1)
关键词 keywords	sialic acid, sialidase, glycosidase, lysosome, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.47 Å
零角强度 I(0) i0	112291000.00
分子量 molecular_weight	82565.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102710 Å³
包络体积 envelope_volume	125160 Å³
水化壳体积 shell_volume	35846 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.16 Å
包络 Rg envelope_rg	29.52 Å
形状 Rg shape_rg	29.45 Å
总 Rg total_rg	30.12 Å
总原子数 total_atoms	11378
残基数 n_residues	732
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	112300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8650
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.425
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	61180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.952

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Sialidase-1
分子量 formula_weight	41582.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11378

DRHHHHHHGSEDDFSLVQPLVTMEQLLWVSGKQIGSVDTFRIPLITATPRGTLLAFAEARKKSASDEGAKFIAMRRSTDQGSTWSSTAFIVDDGEASDGLNLGAVVNDVDTGIVFLIYTLCAHKVNCQVASTMLVWSKDDGISWSPPRNLSVDIGTEMFAPGPGSGIQKQREPGKGRLIVCGHGTLERDGVFCLLSDDHGASWHYGTGVSGIPFGQPKHDHDFNPDECQPYELPDGSVIINARNQNNYHCRCRIVLRSYDACDTLRPRDVTFDPELVDPVVAAGALATSSGIVFFSNPAHPEFRVNLTLRWSFSNGTSWQKERVQVWPGPSGYSSLTALENSTDGKKQPPQLFVLYEKGLNRYTESISMVKISVYGTL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	221.346 Å
晶胞边长 b length_b	221.346 Å
晶胞边长 c length_c	131.748 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.410 Å
R 因子 r_factor	0.1762
R_work r_work	0.1746
R_free r_free	0.1991

fit	/app/data/saxs_computation/du/8du5/8du5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/du/8du5/8du5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/du/8du5/8du5.dat

Murine sialidase-1 (NEU1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction