8dv6

Zika virus envelope protein structure in complex with a potent Human mAb

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dv6
沉积日期 deposition_date	2022-07-28
结构标题 title	Zika virus envelope protein structure in complex with a potent Human mAb
关键词 keywords	;Zika virus, envelope protein, neutralizing antibody, neutralization mechanism, flavivirus, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.66 Å
零角强度 I(0) i0	523346000.00
分子量 molecular_weight	182570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	226330 Å³
包络体积 envelope_volume	327310 Å³
水化壳体积 shell_volume	63446 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.01 Å
包络 Rg envelope_rg	44.04 Å
形状 Rg shape_rg	44.61 Å
总 Rg total_rg	44.96 Å
总原子数 total_atoms	12826
残基数 n_residues	1695
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	523300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8110
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.345
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	45331.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12838

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSSGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus ZIKV/Human/Cambodia/FSS13025/2010
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2316109
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	mAb Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25868.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

RVHLVESGGGVVQPGRSLRLSCVASGFAFSNYHMHWVRQAPGKGLEWVAIIWDDGSDQYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNRLRAEDTALYYCVGGSSAYNGDNGWREAASLDDWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	mAb Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23029.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

QSALTQPASVSGSPGQSITIFCSGSSNDVGGYNYVSWYQQYPGKVPKLLIYDVNSRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSRRTWVFGGGTIVTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.041 Å
晶胞边长 b length_b	133.609 Å
晶胞边长 c length_c	105.109 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.380 Å
最低分辨率 resolution_low	45.570 Å
R 因子 r_factor	0.2336
R_work r_work	0.2323
R_free r_free	0.2586

fit	/app/data/saxs_computation/dv/8dv6/8dv6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/8dv6/8dv6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/8dv6/8dv6.dat

Zika virus envelope protein structure in complex with a potent Human mAb

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)