SAXSdb — 8dvg

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dvg
沉积日期 deposition_date	2022-07-28
结构标题 title	Structure of KRAS WT(7-16)-HLA-A*03:01
关键词 keywords	immunotherapy, MHC-I, HLA-A3, KRAS, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.70 Å
零角强度 I(0) i0	41463700.00
分子量 molecular_weight	46014.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55891 Å³
包络体积 envelope_volume	68767 Å³
水化壳体积 shell_volume	25234 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.58 Å
包络 Rg envelope_rg	22.84 Å
形状 Rg shape_rg	22.68 Å
总 Rg total_rg	23.53 Å
总原子数 total_atoms	3225
残基数 n_residues	388
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7046
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.389
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	6.9070
最高正则化参数 α highest_alpha	11150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 0.925; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.543

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain
分子量 formula_weight	34589.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3336

MASGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTIQIMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHEAEQLRAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWELSSQPGSLHHILDAQKMVWNHR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	13732.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSRSVALAVLALLSLSGLEAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	VAL-VAL-VAL-GLY-ALA-GLY-GLY-VAL-GLY-LYS
分子量 formula_weight	843.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VVVGAGGVGK

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8dvgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	8dvgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	152.893 Å
晶胞边长 b length_b	152.893 Å
晶胞边长 c length_c	85.195 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.594 Å
最低分辨率 resolution_low	19.648 Å
R 因子 r_factor	0.1931
R_work r_work	0.1913
R_free r_free	0.2276

fit	/app/data/saxs_computation/dv/8dvg/8dvg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/8dvg/8dvg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/8dvg/8dvg.dat

Structure of KRAS WT(7-16)-HLA-A*03:01

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)