SAXSdb — 8dvi

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dvi
沉积日期 deposition_date	2022-07-29
结构标题 title	T4 bacteriophage primosome with single strand DNA, State 2
关键词 keywords	phage, complex, helicase, REPLICATION-DNA-RNA complex; REPLICATION/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.63 Å
零角强度 I(0) i0	1651690000.00
分子量 molecular_weight	337780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	422630 Å³
包络体积 envelope_volume	589430 Å³
水化壳体积 shell_volume	102620 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.5 Å
壳层 Rg shell_rg	54.75 Å
包络 Rg envelope_rg	44.12 Å
形状 Rg shape_rg	45.69 Å
总 Rg total_rg	45.79 Å
总原子数 total_atoms	23693
残基数 n_residues	2931
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1652000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.012
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	170700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.878

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DnaB-like replicative helicase
分子量 formula_weight	53662.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	23693

MVEIILSHLIFDQAYFSKVWPYMDSEYFESGPAKNTFKLIKSHVNEYHSVPSINALNVALENSSFTETEYSGVKTLISKLADSPEDHSWLVKETEKYVQQRAMFNATSKIIEIQTNAELPPEKRNKKMPDVGAIPDIMRQALSISFDSYVGHDWMDDYEARWLSYMNKARKVPFKLRILNKITKGGAETGTLNVLMAGVNVGKSLGLCSLAADYLQLGHNVLYISMEMAEEVCAKRIDANMLDVSLDDIDDGHISYAEYKGKMEKWREKSTLGRLIVKQYPTGGADANTFRSLLNELKLKKNFVPTIIIVDYLGICKSCRIRVYSENSYTTVKAIAEELRALAVETETVLWTAAQVGKQAWDSSDVNMSDIAESAGLPATADFMLAVIETEELAAAEQQLIKQIKSRYGDKNKWNKFLMGVQKGNQKWVEIEQDSTPTEVNEVAGSQQIQAEQNRYQRNESTRAQLDALANELKF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3605.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

TTTTTTTTTTTT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA primase
分子量 formula_weight	39842.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSSIPWIDNEFAYRALAHLPKFTQVNNSSTFKLRFRCPVCGDSKTDQNKARGWYYGDNNEGNIHCYNCNYHAPIGIYLKEFEPDLYREYIFEIRKEKGKSRPIEKPKELPKQPEKKIIKSLPSCVRLDKLAEDHPIIKYVKARCIPKDKWKYLWFTTEWPKLVNSIAPGTYKKEISEPRLVIPIYNANGKAESFQGRALKKDAPQKYITIEAYPEATKIYGVERVKDGDVYVLEGPIDSLFIENGIAITGGQLDLEVVPFKDRRVWVLDNEPRHPDTIKRMTKLVDAGERVMFWDKSPWKSKDVNDMIRKEGATPEQIMEYMKNNIAQGLMAKMRLSKYAKI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (70-MER)
分子量 formula_weight	1536.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGCTG

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	8dviA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dviB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dviC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dviD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dviE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dviF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	97947

fit	/app/data/saxs_computation/dv/8dvi/8dvi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/8dvi/8dvi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/8dvi/8dvi.dat

T4 bacteriophage primosome with single strand DNA, State 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)