8dwj

Primase of mutant bacteriophage T4 primosome with single strand DNA/RNA primer hybrid in primer exiting state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 78.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dwj
沉积日期 deposition_date	2022-08-01
结构标题 title	Primase of mutant bacteriophage T4 primosome with single strand DNA/RNA primer hybrid in primer exiting state
关键词 keywords	phage, complex, helicase, REPLICATION-DNA-RNA complex; REPLICATION/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.38 Å
零角强度 I(0) i0	34684600.00
分子量 molecular_weight	43502.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53639 Å³
包络体积 envelope_volume	67242 Å³
水化壳体积 shell_volume	24530 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.64 Å
包络 Rg envelope_rg	23.06 Å
形状 Rg shape_rg	23.37 Å
总 Rg total_rg	24.13 Å
总原子数 total_atoms	3043
残基数 n_residues	350
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.254
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.312
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6018000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA(5'-ppp-GCCGA-3')
分子量 formula_weight	1745.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	3043

GCCGA

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (70-MER)
分子量 formula_weight	21900.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GAATGAGGAGTAGTAGTGAATGTAGTGAGGTAATATCGGCTGGTCTGGTCTGTGCCAAGTTGCTGCAAAA

Entity 3 polymer

描述 description	DNA primase
分子量 formula_weight	39842.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSSIPWIDNEFAYRALAHLPKFTQVNNSSTFKLRFRCPVCGDSKTDQNKARGWYYGDNNEGNIHCYNCNYHAPIGIYLKEFEPDLYREYIFEIRKEKGKSRPIEKPKELPKQPEKKIIKSLPSCVRLDKLAEDHPIIKYVKARCIPKDKWKYLWFTTEWPKLVNSIAPGTYKKEISEPRLVIPIYNANGKAESFQGRALKKDAPQKYITIEAYPEATKIYGVERVKDGDVYVLEGPIDSLFIENGIAITGGQLDLEVVPFKDRRVWVLDNEPRHPDTIKRMTKLVDAGERVMFWDKSPWKSKDVNDMIRKEGATPEQIMEYMKNNIAQGLMAKMRLSKYAKI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157809

fit	/app/data/saxs_computation/dw/8dwj/8dwj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dw/8dwj/8dwj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dw/8dwj/8dwj.dat

Primase of mutant bacteriophage T4 primosome with single strand DNA/RNA primer hybrid in primer exiting state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)