8dzf

Cryo-EM structure of bundle-forming pilus extension ATPase from E.coli in the presence of AMP-PNP (class-2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 139.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dzf
沉积日期 deposition_date	2022-08-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of bundle-forming pilus extension ATPase from E.coli in the presence of AMP-PNP (class-2)
关键词 keywords	BfpD, AAA-ATPase, STRUCTURAL PROTEIN, Type 4 pilus accessory protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.67 Å
零角强度 I(0) i0	1134860000.00
分子量 molecular_weight	275250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	342830 Å³
包络体积 envelope_volume	500630 Å³
水化壳体积 shell_volume	86457 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.3 Å
壳层 Rg shell_rg	55.35 Å
包络 Rg envelope_rg	44.28 Å
形状 Rg shape_rg	45.62 Å
总 Rg total_rg	46.21 Å
总原子数 total_atoms	19308
残基数 n_residues	2478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.7 Å
Rg (实空间) rg_real	46.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1135000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.028
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.713
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	237400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.759

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	BfpD
分子量 formula_weight	60440.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	19308

MVNKTEKTSDLMFERFKRNVSEIVTGDGGELELTVEQRKYFLIFKNGDFLVSSCHMKHHLVQMLREIATRKGYPNLTIYEVNLKDIRLLYEASLKTVQNNGQDLLPVEKRASMLLFECAEMRVSDLHIKVYDAEADIYIRKDGDMELLRQIESNTAHSILASLYNNADDSDATYKINAYQAARIVASKSRLALPPVIQAVRLQFNPLGQGGRYLIARFLYTDKSEKQKEMDPTRFGFHHSHAESFSRMRNLPIGINIISGPTGSGKSTTLKNLLELLYIEKKKKVNIISIEDPPEYEIDGTAQLPITNVETEAQRGEEYRKAITAALRSDPDIIMPGEARDAEVINLLFTAAMTGHQVWTSLHANNALAIFDRLKDQGVDEFKLTDPELITGLVAQRLVRKLCAQCSITLTEYIASGGGISDTDRKIISGHETSVRFPNPRAKKCCRDGYNGRTILAEVIEPDSKLLRLVAEGKREDAQHYWLTSLHGMALKEHAWLKIISGEICVMDAVNKISGIDNITEERKKYLFSRDNEI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.69 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	68944

fit	/app/data/saxs_computation/dz/8dzf/8dzf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dz/8dzf/8dzf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dz/8dzf/8dzf.dat