8dzk

Dbr1 in complex with 5-mer cleavage product

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dzk
沉积日期 deposition_date	2022-08-08
结构标题 title	Dbr1 in complex with 5-mer cleavage product
关键词 keywords	METALLOENZYME, COMPLEX, BRANCHED RNA, HYDROLASE-RNA COMPLEX, RNA BINDING PROTEIN; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.95 Å
零角强度 I(0) i0	624701000.00
分子量 molecular_weight	209200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262520 Å³
包络体积 envelope_volume	332880 Å³
水化壳体积 shell_volume	65502 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.40 Å
包络 Rg envelope_rg	42.37 Å
形状 Rg shape_rg	42.95 Å
总 Rg total_rg	43.18 Å
总原子数 total_atoms	14679
残基数 n_residues	1762
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	624800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6768
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.706
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	103900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.032; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA lariat debranching enzyme, putative
分子量 formula_weight	41213.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	15212

GAMATEQIQHIAIVGCVHGKYREMYRQLSEYEKSTGKEISFVICTGDMQTLRYEADLVYLKVPPKYKQMGDFHLYYEGKEKAPYLTLFIGGNHESSNVLLHLYNGGFVCFNMYYLGVCSCININGLRIVGVSGIYKSFDEKKPYTYPPSPNDVVSLFHTRNYVIQMLSNLSQSSQIDISLSHDWPQGIVMKGNYKQLYRFQPGFKKDGASLGSPINKVILNTLKPKYWISGHMHCEYHAEEGPTHFIALGKIGYKNAISYLDLPLKQKTDLEYDKDWVCNLIMTWPAFSNKAQFPDLSYSISELLSKRTKELDKKIIELWEKYIGLKIIYDSDTFDIQFTSRRFYIEKIYNELNIN

来源 Source

来源生物 organism	Entamoeba histolytica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5759
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(P(G46)PUPGPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	1580.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F,G,N,O,P

GUGUU

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	511

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.272 Å
晶胞边长 b length_b	143.341 Å
晶胞边长 c length_c	214.006 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.120 Å
R 因子 r_factor	0.1794
R_work r_work	0.1778
R_free r_free	0.2092

fit	/app/data/saxs_computation/dz/8dzk/8dzk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dz/8dzk/8dzk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dz/8dzk/8dzk.dat

Dbr1 in complex with 5-mer cleavage product

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)