8e0x

;DAHP (3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate) Synthase complexed with Mn(II), PEP, and Pi in unbound:(bound)2:other Conformations ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e0x
沉积日期 deposition_date	2022-08-09
结构标题 title	;DAHP (3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate) Synthase complexed with Mn(II), PEP, and Pi in unbound:(bound)2:other Conformations ;
关键词 keywords	DAHP synthase inhibitor, DAHP oxime complex, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.48 Å
零角强度 I(0) i0	338126000.00
分子量 molecular_weight	146640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	182380 Å³
包络体积 envelope_volume	220800 Å³
水化壳体积 shell_volume	50209 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.97 Å
包络 Rg envelope_rg	36.16 Å
形状 Rg shape_rg	36.47 Å
总 Rg total_rg	36.89 Å
总原子数 total_atoms	10284
残基数 n_residues	1371
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	338100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8299
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.213
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.692
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	334400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
分子量 formula_weight	38116.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.54
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11326

GMNYQNDDLRIKEIKELLPPVALLEKFPATENAANTVAHARKAIHKILKGNDDRLLVVIGPCSIHDPVAAKEYATRLLALREELKDELEIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHMDNSFQINDGLRIARKLLLDINDSGLPAAGEFLDMITPQYLADLMSWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGTIKVAIDAINAAGAPHCFLSVTKWGHSAIVNTSGNGDCHIILRGGKEPNYSAKHVAEVKEGLNKAGLPAQVMIDFSHANSSKQFKKQMDVCADVCQQIAGGEKAIIGVMVESHLVEGNQSLESGEPLAYGKSITDACIGWEDTDALLRQLANAVKARRG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOENOLPYRUVATE
分子量 formula_weight	168.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1007

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	210.717 Å
晶胞边长 b length_b	53.181 Å
晶胞边长 c length_c	150.366 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	43.480 Å
R 因子 r_factor	0.1882
R_work r_work	0.1877
R_free r_free	0.2141

fit	/app/data/saxs_computation/e0/8e0x/8e0x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e0/8e0x/8e0x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e0/8e0x/8e0x.dat

;DAHP (3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate) Synthase complexed with Mn(II), PEP, and Pi in unbound:(bound)2:other Conformations ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction