SAXSdb — 8e1i

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e1i
沉积日期 deposition_date	2022-08-10
结构标题 title	Asp1 kinase in complex with ATP Mg 5-IP7
关键词 keywords	Inositol pyrophosphosphate IPP kinase Fission yeast, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.05 Å
零角强度 I(0) i0	91958000.00
分子量 molecular_weight	74727.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93151 Å³
包络体积 envelope_volume	118330 Å³
水化壳体积 shell_volume	34188 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.15 Å
包络 Rg envelope_rg	28.69 Å
形状 Rg shape_rg	29.05 Å
总 Rg total_rg	29.72 Å
总原子数 total_atoms	5242
残基数 n_residues	646
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8967
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.924

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
分子量 formula_weight	38213.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.24
突变 mutation	K47A, R50A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5661

SKRNVVGICAMDAKARSAPCANILNRIIAEGEFEAIVFGDNMILDEAVENWPACDYLICFYSSGFPLKKAEKYVELRKPFCVNDVVFQELLWDRRLVLNILDAIRVSTPQRLICSRDGGPKINKVLEEKLRRKFGIEITEVPTPEVKMLDEDTLSVDGKIIKKPYVEKPVYGEDHNIYIYFPKSVGGGGRKLFRKVANKSSDYDPDLCAPRTEGSFIYEEFMNVDNAEDVKVYTVGPHYSHAETRKSPVVDGIVRRNPHGKEIRFITNLSEEEKNMASKISIAFEQPVCGFDLLRVSGQSYVIDVNGWSFVKDNNDYYDNAARILKQMFHVAERH

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe/Puccinia graminis mixed DNA library
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	584653
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	(1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate
分子量 formula_weight	740.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	419

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8e1iB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11950 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.777 Å
晶胞边长 b length_b	88.495 Å
晶胞边长 c length_c	86.569 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	36.670 Å
R 因子 r_factor	0.1963
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2351

fit	/app/data/saxs_computation/e1/8e1i/8e1i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/8e1i/8e1i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/8e1i/8e1i.dat

Asp1 kinase in complex with ATP Mg 5-IP7

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction