8e1v

Asp1 kinase in complex with ADPNP Mg IP6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e1v
沉积日期 deposition_date	2022-08-11
结构标题 title	Asp1 kinase in complex with ADPNP Mg IP6
关键词 keywords	Inositol pyrophosphosphate IPP kinase Fission yeast, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.20 Å
零角强度 I(0) i0	90229700.00
分子量 molecular_weight	74135.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92488 Å³
包络体积 envelope_volume	117950 Å³
水化壳体积 shell_volume	33902 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.25 Å
包络 Rg envelope_rg	28.81 Å
形状 Rg shape_rg	29.20 Å
总 Rg total_rg	29.86 Å
总原子数 total_atoms	5202
残基数 n_residues	640
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.331
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
分子量 formula_weight	38357.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5662

SKRNVVGICAMDAKARSKPCRNILNRIIAEGEFEAIVFGDNMILDEAVENWPACDYLICFYSSGFPLKKAEKYVELRKPFCVNDVVFQELLWDRRLVLNILDAIRVSTPQRLICSRDGGPKINKVLEEKLRRKFGIEITEVPTPEVKMLDEDTLSVDGKIIKKPYVEKPVYGEDHNIYIYFPKSVGGGGRKLFRKVANKSSDYDPDLCAPRTEGSFIYEEFMNVDNAEDVKVYTVGPHYSHAETRKSPVVDGIVRRNPHGKEIRFITNLSEEEKNMASKISIAFEQPVCGFDLLRVSGQSYVIDVNGWSFVKDNNDYYDNAARILKQMFHVAERH

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	460

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8e1vB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11950 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.560 Å
晶胞边长 b length_b	86.990 Å
晶胞边长 c length_c	86.287 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	43.500 Å
R 因子 r_factor	0.1981
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2252

fit	/app/data/saxs_computation/e1/8e1v/8e1v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/8e1v/8e1v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/8e1v/8e1v.dat